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万見
- PDB-3da3: Crystal Structure of Colicin M, A Novel Phosphatase Specifically ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3da3
タイトルCrystal Structure of Colicin M, A Novel Phosphatase Specifically Imported by Escherichia Coli
要素Colicin-M
キーワードANTIBIOTIC / Colicin / Phosphatase / Xray / Dimer / three functional domains / Antimicrobial / Bacteriocin / Plasmid / TonB box
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
de novo design (two linked rop proteins) - #280 / Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / de novo design (two linked rop proteins) / Beta-Lactamase / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zeth, K. / Albrecht, R. / Romer, C. / Braun, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of colicin M, a novel phosphatase specifically imported by Escherichia coli
著者: Zeth, K. / Romer, C. / Patzer, S.I. / Braun, V.
履歴
登録2008年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin-M
B: Colicin-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8744
ポリマ－60,8252
非ポリマー492
水2,594144
1
A: Colicin-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4372
ポリマ－30,4121
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Colicin-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4372
ポリマ－30,4121
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area23390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.880, 119.880, 96.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 271 / Label seq-ID: 2 - 271

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Colicin-M


分子量: 30412.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05820
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, 0.1mM CaCl2, 0.1mM pyrophosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 23282 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3858 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 11.561 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29468 1183 5 %RANDOM
Rwork0.23503 ---
all0.24 23282 --
obs0.23802 22199 94.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4134 0 2 144 4280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9525762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9165538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.31124.302172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90415676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6151514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22932
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4321.52750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75524326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.92531695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4334.51436
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2067 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.260.5
medium thermal0.412
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 123 -
Rwork0.28 1874 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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