PDB-3da2: X-ray structure of human carbonic anhydrase 13 in complex with in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3da2

タイトル

X-ray structure of human carbonic anhydrase 13 in complex with inhibitor

要素

Carbonic anhydrase 13

キーワード

LYASE / CARBONIC ANHYDRASE / SULFONAMIDE / SGC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / myelin sheath / intracellular membrane-bounded organelle / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Pilka, E.S. / Picaud, S.S. / Yue, W.W. / King, O.N.F. / Bray, J.E. / Filippakopoulos, P. / Roos, A.K. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of human carbonic anhydrase 13 in complex with inhibitor.
著者: Pilka, E.S. / Picaud, S.S. / Yue, W.W. / King, O.N.F. / Bray, J.E. / Filippakopoulos, P. / Roos, A.K. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Wikstrom, M. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Oppermann, U.

履歴

登録	2008年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3da2.cif.gz	128 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3da2.ent.gz	98 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3da2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3da2_validation.pdf.gz	930.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3da2_full_validation.pdf.gz	942.1 KB	表示
XML形式データ	3da2_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	3da2_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3da2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3da2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1azmS 1fljS 1zh9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wq5-d 5lle-d 6yzr-d 3v5g-d 5gmm-2 5ll8-d 5n0e-d 3p44-d 3kig-d 3m2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 13

B: Carbonic anhydrase 13

ヘテロ分子

59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 13

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbonic anhydrase 13

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.637, 45.138, 87.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 13 / Carbonic anhydrase XIII / Carbonate dehydratase XIII / CA-XIII 分子量: 29431.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA13 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8N1Q1, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-4MD / N-(4-chlorobenzyl)-N-methylbenzene-1,4-disulfonamide 分子量: 374.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅ClN₂O₄S₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M (NH4)2H(citrate), pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→43.52 Å / Num. all: 34326 / Num. obs: 32583 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.096 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4941 / R_sym value: 0.372 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 1AZM,1ZH9,1FLJ

1azm

1zh9

1flj

解像度: 2.05→43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 9.16 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22063	1734	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15903	-	-	-
all	0.16224	32583	-	-
obs	0.16224	32583	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.183 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4063	0	50	435	4548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.955	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.918	3.001	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.167	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.481	24.149	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.488	15	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.502	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.176	3	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.628	3	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.411	5	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.499	7	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.239	11	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	121	-
R_work	0.205	2359	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.6081	3.9647	-4.0828	7.9689	0.0636	1.0181	0.0414	-0.4526	0.5128	0.0732	-0.1866	0.3975	-1.2646	-0.1375	0.1451	0.4662	0.1191	0.0256	0.2214	-0.0049	0.3492	5.674	30.891	13.767
2	3.8443	-0.1638	-0.2163	1.9168	-0.0023	2.556	0.1093	0.1659	-0.1741	0.04	-0.2882	-0.0267	0.0299	-0.1025	0.1788	0.0181	-0.0465	-0.0327	0.0508	-0.016	-0.0306	6.672	10.941	16.248
3	3.0672	-0.6292	-0.0557	1.3056	-0.0062	3.3144	0.0168	-0.004	-0.1774	0.2409	-0.1459	0.2642	0.0435	-0.6714	0.1291	0.0531	-0.0635	0.0261	0.1799	-0.039	0.003	-3.757	11.397	21.428
4	3.8271	-0.5577	-0.101	1.8905	0.2021	2.7166	0.1153	0.3215	-0.2702	0.0887	-0.2439	0.2081	0.1058	-0.4317	0.1287	0.0217	-0.0405	0.0071	0.1297	-0.0601	-0.0212	0.155	9.23	14.798
5	2.5074	0.662	0.0004	2.4529	-0.3772	2.611	-0.0635	-0.2553	-0.4538	0.1386	0.1519	-0.0114	0.4568	-0.0983	-0.0884	0.1187	-0.0406	-0.0155	0.0538	0.0461	0.0333	32.852	-20.136	19.639
6	1.9185	0.0695	0.0885	2.9345	-0.5462	2.2103	-0.0682	-0.0209	0.1681	-0.0463	0.2301	0.0369	-0.1706	-0.0624	-0.1619	0.0474	-0.0365	0.025	0.0391	0.0058	-0.0037	33.69	-4.555	14.951
7	3.6479	-2.2877	1.5165	2.9722	-1.1897	1.4562	-0.2925	-0.176	0.4024	0.7678	0.3106	0.0363	-0.7645	-0.2812	-0.018	0.3605	0.1129	0.0483	0.1521	-0.0625	0.058	29.046	5.66	27.684
8	2.0489	0.2621	0.287	2.5676	-0.3758	2.6097	-0.0814	-0.1764	0.0223	0.1646	0.1604	-0.0946	-0.079	-0.0061	-0.0789	0.046	-0.0032	0	0.0323	-0.0058	-0.0272	36.448	-9.144	20.93

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 6	2 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	7 - 59	8 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	60 - 181	61 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	182 - 261	183 - 262
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	6 - 45	7 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	46 - 155	47 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	156 - 180	157 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	181 - 261	182 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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