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- PDB-3d8l: Crystal structure of ORF12 from the lactococcus lactis bacterioph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d8l
タイトルCrystal structure of ORF12 from the lactococcus lactis bacteriophage p2
要素ORF12
キーワードVIRAL PROTEIN / lactococcal phage p2 / ORF12
機能・相同性Uncharacterised protein, phage p2 ORF12 / Phage p2 ORF12 / viral tail assembly / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chaperone protein gp12
機能・相同性情報
生物種Lactococcus phage p2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Spinelli, S. / Lichiere, J. / Moineau, S. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of ORF12 from Lactococcus lactis phage p2 identifies a tape measure protein chaperone
著者: Siponen, M. / Sciara, G. / Villion, M. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Moineau, S. / Campanacci, V.
履歴
登録2008年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22016年9月21日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF12
B: ORF12
C: ORF12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6983
ポリマ－31,6983
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ORF12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5661
ポリマ－10,5661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: ORF12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5661
ポリマ－10,5661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: ORF12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5661
ポリマ－10,5661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.318, 158.318, 99.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYAA1 - 911 - 91
2GLYGLYBB1 - 911 - 91
3GLNGLNCC4 - 914 - 91

-
要素

#1: タンパク質 ORF12


分子量: 10566.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus phage p2 (ウイルス) / 遺伝子: ORF12 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: D3WAD0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M HEPES, 15.9% PEG600, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日 / 詳細: tyroidal mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→35 Å / Num. all: 10739 / Num. obs: 10739 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 71.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 10739 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 33.831 / SU ML: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.763 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25319 515 4.8 %RANDOM
Rwork0.20264 ---
obs0.20503 10218 99.98 %-
all-10218 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.96 Å2-1.98 Å20 Å2
2---3.96 Å20 Å2
3---5.94 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.347 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2211 0 0 4 2215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9722992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92133878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7775267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.08726.053114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.42415461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.325156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2010.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.21221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2680.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3160.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.51698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0861.5554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76922128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19631084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.814.5864
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1243 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.410.5
2Bmedium positional0.470.5
3Cmedium positional0.460.5
1Amedium thermal0.422
2Bmedium thermal0.42
3Cmedium thermal0.362
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 36 -
Rwork0.335 755 -
obs-36 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.9507-1.51891.70547.9449-1.30813.8763-0.05280.1741-0.4135-0.2401-0.06140.3580.5907-0.23220.1142-0.1173-0.0390.0126-0.2257-0.0591-0.244364.23231.22562.957
210.16431.04523.56616.65792.50726.36580.0696-0.2943-0.4578-0.0787-0.33340.18140.3634-0.64720.2638-0.1784-0.12370.0571-0.0331-0.1012-0.218852.38533.6992.143
38.68552.50281.720312.46844.73779.0440.3104-0.1977-0.22070.0282-0.0738-0.2311-0.310.6368-0.2366-0.1327-0.1497-0.00350.0589-0.0611-0.242230.32725.49880.832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 911 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 911 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 914 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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