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- PDB-3d8l: Crystal structure of ORF12 from the lactococcus lactis bacterioph... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d8l | ||||||
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Title | Crystal structure of ORF12 from the lactococcus lactis bacteriophage p2 | ||||||
![]() | ORF12 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / lactococcal phage p2 / ORF12 | ||||||
Function / homology | Uncharacterised protein, phage p2 ORF12 / Phage p2 ORF12 / viral tail assembly / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chaperone protein gp12![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Siponen, M.I. / Spinelli, S. / Lichiere, J. / Moineau, S. / Cambillau, C. / Campanacci, V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of ORF12 from Lactococcus lactis phage p2 identifies a tape measure protein chaperone Authors: Siponen, M. / Sciara, G. / Villion, M. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Moineau, S. / Campanacci, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 63.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 50 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 451.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 10566.008 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.79 Å3/Da / Density % sol: 67.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.8 Details: 0.1M HEPES, 15.9% PEG600, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2007 / Details: tyroidal mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→35 Å / Num. all: 10739 / Num. obs: 10739 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 71.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 29.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.06 Å / Redundancy: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 10739 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.215 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.347 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1243 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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