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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d6w
タイトルLytTr DNA-binding domain of putative methyl-accepting/DNA response regulator from Bacillus cereus.
要素Methyl-accepting/DNA response regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / structural genomics / APC7590 / LytTr DNA-binding domain / methyl-accepting/DNA response regulator / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LytTR signal transduction protein, putative / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / N-terminal domain of TfIIb - #10 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet ...LytTR signal transduction protein, putative / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / N-terminal domain of TfIIb - #10 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Methyl-accepting/DNA response regulator, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of LytTr DNA-binding domain of putative methyl-accepting/DNA response regulator from Bacillus cereus.
著者: OSIPIUK, J. / EVDOKIMOVA, E. / KUDRITSKA, M. / SAVCHENKO, A. / EDWARDS, A.M. / JOACHIMIAK, A.
履歴
登録2008年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting/DNA response regulator
B: Methyl-accepting/DNA response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8837
ポリマ－25,6812
非ポリマー2035
水1,36976
1
A: Methyl-accepting/DNA response regulator
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting/DNA response regulator
ヘテロ分子

B: Methyl-accepting/DNA response regulator
ヘテロ分子

B: Methyl-accepting/DNA response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,76714
ポリマ－51,3614
非ポリマー40510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
Buried area6670 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.784, 88.784, 74.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-39-

HOH

21A-65-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting/DNA response regulator


分子量: 12840.362 Da / 分子数: 2 / 断片: LytTr DNA-binding domain, residues 106-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_1947 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q73A38
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES buffer. Full length protein consisting of 214 original residues was used for crystallization. The obtained crystals contain only C-terminal domain of the ...詳細: 0.4 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES buffer. Full length protein consisting of 214 original residues was used for crystallization. The obtained crystals contain only C-terminal domain of the protein, probably, due to proteolysis of the protein in crystallization conditions. , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月21日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48 Å / Num. all: 12166 / Num. obs: 12166 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 27.8 % / Biso Wilson estimate: 65.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.804 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 26.7 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 583 / Χ2: 0.934 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 14.485 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 581 4.8 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.184 12141 --
obs0.184 12141 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.238 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 12 76 1866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.9572474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98433075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0015216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83123.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.14615320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.267158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.2987
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.080.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3481.51314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1891.5436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70121774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2223851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2634.5700
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 40 -
Rwork0.255 837 -
all-877 -
obs-877 99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.76211.15947.970613.6469.925943.82640.13890.78930.4210.1812-0.6346-0.43190.61962.09920.4957-0.08650.00460.0749-0.1965-0.0063-0.1053-14.678344.526314.3315
24.2933.7807-3.14443.3296-2.76922.3032-0.2260.41320.04590.0980.6874-0.2058-0.0861-0.0234-0.4614-0.1472-0.0318-0.1183-0.1266-0.1536-0.1981-16.400842.228822.5964
315.7069-4.012710.90897.2365-5.53388.79130.3034-0.61720.94990.22980.26280.51290.24940.4769-0.5662-0.1491-0.0956-0.1229-0.132-0.1565-0.0988-15.840530.613218.1934
422.8156-13.01081.21337.4321-1.089612.70270.931.0625-0.063-1.6943-0.85230.3462-1.4829-0.8274-0.0777-0.21260.0984-0.13940.2355-0.2388-0.3675-13.078130.02267.0219
51.2705-1.5711-1.20461.96871.20964.17720.29270.661-0.06-0.3682-0.2180.1888-0.1818-0.0643-0.0746-0.20970.0693-0.1046-0.1014-0.0762-0.201-16.066537.564815.1209
610.56035.76381.12693.5927-0.76044.35410.20090.2005-0.06940.1908-0.1077-0.2041-0.5215-0.1822-0.0931-0.2691-0.0036-0.0667-0.0514-0.0779-0.151-3.713134.297317.7763
70.868-1.43590.2342.3754-0.38710.06310.1501-0.1393-0.05080.073-0.4210.0117-0.2680.04230.2709-0.166-0.0387-0.0963-0.0843-0.1301-0.2045-7.604230.56924.963
80.05910.05730.3874.30391.14292.67240.17590.02630.03790.2469-0.1178-0.0075-0.12050.1449-0.0581-0.31110.0537-0.1254-0.2045-0.1189-0.2165-15.843224.392125.0233
93.2781.3309-0.1930.5404-0.07830.0114-0.1950.31440.9932-0.02720.4227-0.5522-0.99260.1255-0.2277-0.11620.0819-0.2516-0.0659-0.2238-0.0576-17.527818.854225.4342
102.1925-2.0602-1.15721.93581.08740.61080.26990.0076-0.4883-0.1005-0.0646-0.00660.07180.1729-0.2054-0.2970.0159-0.1244-0.1842-0.12-0.1142-10.691820.283626.1361
1116.3192-0.78573.551836.60790.266712.42830.4916-0.80140.5778-1.1023-0.14311.9973-0.9433-0.3491-0.3485-0.1641-0.1162-0.06980.00970.1136-0.294212.820224.088536.352
121.35561.4529-0.5614.5444-5.05856.88260.2506-0.22390.07640.1595-0.7149-0.2653-0.45610.78020.4643-0.24960.0114-0.0337-0.08090.064-0.298216.986223.014437.6109
131.2827-5.1718-2.502721.927712.09298.6123-0.12070.15890.364-0.8132-0.1862-0.5902-0.64931.08140.3069-0.13470.1153-0.02640.0054-0.0285-0.179415.944125.144425.1954
147.27011.5328-2.29336.468-0.02011.84760.1505-0.1253-0.24880.1187-0.4689-0.0275-0.14870.29270.3184-0.17560.0911-0.0952-0.12160.0016-0.24816.162621.006127.2484
155.4828-6.31222.63557.8823-0.668310.3625-0.0007-0.3585-0.5780.3713-0.63410.2754-0.31010.28910.6348-0.27990.0673-0.0606-0.22070.066-0.20814.426519.992331.7092
160.42921.4079-0.11014.6185-0.3610.02820.6346-0.0737-0.0507-0.0451-0.80280.25330.0504-0.31160.1681-0.22050.0488-0.0484-0.1419-0.0049-0.17063.994325.239127.8816
172.3123-0.0938-0.15635.343-0.48752.08080.30490.45610.1225-0.104-0.42520.1584-0.01830.13160.1202-0.19760.0244-0.0286-0.1254-0.058-0.2739.980930.617921.6367
180.322-1.0494-1.00927.4286-2.004710.15570.530.82790.2435-1.1619-0.2538-0.65880.96660.3558-0.27620.06930.10210.12360.188-0.0426-0.229317.189534.5729.3621
1912.48794.3447-3.32671.5116-1.15740.88620.2195-0.5146-1.27640.2629-0.641-0.06230.12260.50960.42150.1090.16620.07970.191-0.03520.061720.000232.946615.9462
205.2157-4.39071.721718.4242-0.40944.31080.25930.67880.2377-1.6968-0.1014-0.16040.0569-0.024-0.1578-0.1340.0055-0.00840.0183-0.0205-0.290210.066533.793112.674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA106 - 1181 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2AA119 - 12614 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3AA127 - 13122 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4AA132 - 13627 - 31
5X-RAY DIFFRACTION5AA137 - 14932 - 44
6X-RAY DIFFRACTION6AA150 - 15745 - 52
7X-RAY DIFFRACTION7AA158 - 16753 - 62
8X-RAY DIFFRACTION8AA168 - 18363 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9AA184 - 19479 - 89
10X-RAY DIFFRACTION10AA195 - 21490 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11BB107 - 1142 - 9
12X-RAY DIFFRACTION12BB115 - 12310 - 18
13X-RAY DIFFRACTION13BB124 - 13319 - 28
14X-RAY DIFFRACTION14BB134 - 14229 - 37
15X-RAY DIFFRACTION15BB143 - 14838 - 43
16X-RAY DIFFRACTION16BB149 - 15844 - 53
17X-RAY DIFFRACTION17BB159 - 17654 - 71
18X-RAY DIFFRACTION18BB177 - 18772 - 82
19X-RAY DIFFRACTION19BB188 - 19583 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20BB196 - 21591 - 110

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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