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- PDB-3d5y: High resolution crystal structure of 1,5-alpha-arabinanase cataly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d5y
タイトルHigh resolution crystal structure of 1,5-alpha-arabinanase catalytic mutant (AbnBE201A)
要素Intracellular arabinanase
キーワードHYDROLASE / Arabinanase / Glycosyl Hydrolase / High resolution / beta-propeller / Geobacillus stearothermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase / arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 43, endo-1, 5-alpha-L-arabinosidase / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Alhassid, A. / Ben David, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of an inverting GH 43 1,5-alpha-L-arabinanase from Geobacillus stearothermophilus complexed with its substrate
著者: Alhassid, A. / Ben-David, A. / Tabachnikov, O. / Libster, D. / Naveh, E. / Zolotnitsky, G. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2008年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intracellular arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5862
ポリマ－35,5461
非ポリマー401
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Intracellular arabinanase
ヘテロ分子

A: Intracellular arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1714
ポリマ－71,0912
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2450 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.854, 89.672, 75.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Intracellular arabinanase / 1 / 5-alpha-arabinanase


分子量: 35545.527 Da / 分子数: 1 / 変異: E201A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: T-6 / 遺伝子: abn / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B3EYM8, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE 9TH RESIDUE, GLY, IS NOT A PLANNED MUTATION BUT A MUTATION IN THE CURRENT MODELS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.9M lithium sulfate, 0.1M Tris buffer pH 8.5, 4%(w/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978578 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月26日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978578 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→50 Å / Num. all: 86543 / Num. obs: 83088 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. unique all: 3707 / Rsym value: 0.268

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: PDB ENTRY 3CU9

3cu9


解像度: 1.22→30 Å / Num. parameters: 21381 / Num. restraintsaints: 26021 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1923 4150 5.3 %RANDOM
all0.158 78902 --
obs0.1581 78902 90.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2797.5
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2516 0 1 278 2795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0318
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.082
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.007
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1216 -
Rwork0.24 --
obs--86.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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