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万見
- PDB-3d5e: Crystal structure of human plasma platelet activating factor acet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d5e
タイトルCrystal structure of human plasma platelet activating factor acetylhydrolase covalently inhibited by paraoxon
要素Platelet-activating factor acetylhydrolase
キーワードHYDROLASE / PLASMA PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE / SECRETED PROTEIN / ALPHA/BETA-HYDROLASE-FOLD / LDL-BOUND / LIPOPROTEIN ASSOCIATED PHOSPHOLIPASE A2 / LP-PLA2 / GROUP VIIA PLA2 / Glycoprotein / Lipid degradation / Polymorphism / Secreted / Paraoxon
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / calcium-independent phospholipase A2 activity / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / phosphatidylcholine catabolic process / lipid oxidation / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle ...plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / calcium-independent phospholipase A2 activity / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / phosphatidylcholine catabolic process / lipid oxidation / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of monocyte chemotaxis / peptide hormone processing / hydrolase activity, acting on ester bonds / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase, eucaryote / Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIETHYL PHOSPHONATE / FORMIC ACID / Platelet-activating factor acetylhydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Samanta, U. / Bahnson, B.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Human Plasma Platelet-activating Factor Acetylhydrolase: STRUCTURAL IMPLICATION TO LIPOPROTEIN BINDING AND CATALYSIS.
著者: Samanta, U. / Bahnson, B.J.
履歴
登録2008年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase
B: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,00120
ポリマ－86,9892
非ポリマー1,01318
水5,188288
1
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9559
ポリマ－43,4941
非ポリマー4608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,04711
ポリマ－43,4941
非ポリマー55210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.213, 78.696, 97.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Platelet-activating factor acetylhydrolase / PAF acetylhydrolase / PAF 2-acylhydrolase / LDL-associated phospholipase A2 / LDL-PLA(2) / 2-acetyl- ...PAF acetylhydrolase / PAF 2-acylhydrolase / LDL-associated phospholipase A2 / LDL-PLA(2) / 2-acetyl-1-alkylglycerophosphocholine esterase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase


分子量: 43494.367 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 47-429 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G7, PAFAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13093, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#2: 化合物 ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル


分子量: 138.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月17日 / 詳細: SI(111) ROSENBAUM-ROCK
放射モノクロメーター: SI(111) ROSENBAUM-ROCK / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 48162 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.59
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / % possible all: 73.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREPOF CCP4I REFMAC5 OF CCP4I FOR FINAL REFINEMENT位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMACOF CCP4I FOR FINAL REFINEMENT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE STRUCTURE, PDB ENTRY 3D59

3d59


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.98 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2439 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 45723 94.89 %-
all-49946 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6013 0 16 336 6365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0226224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9051.9528391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4145745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.84323.92301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.46151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6481537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.24145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6041.53882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06925985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38532733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9174.52406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 146 -
Rwork0.21 2560 -
obs--71.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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