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万見
- PDB-3d54: Structure of PurLQS from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d54
タイトルStructure of PurLQS from Thermotoga maritima
要素
  • Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
  • Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1
  • Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
キーワードLIGASE / alpha-beta structure / ATP-binding / Nucleotide-binding / Purine biosynthesis / Glutamine amidotransferase / LIGASE-UNKNOWN FUNCTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine synthase / phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity / glutaminase / glutaminase activity / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurQ / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase, C-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL, C-terminal / PurL, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II C-terminus / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL / Mth169; Chain: A , / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine (FGAM) synthase ...Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurQ / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase, C-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL, C-terminal / PurL, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II C-terminus / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL / Mth169; Chain: A , / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine (FGAM) synthase / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, linker domain / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase linker domain / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS-like superfamily / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurQ / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurL
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ealick, S.E. / Morar, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase from Thermotoga maritima: structural insights into complex formation.
著者: Morar, M. / Hoskins, A.A. / Stubbe, J. / Ealick, S.E.
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
B: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
C: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
D: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1
E: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
F: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
G: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
H: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1
I: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
J: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
K: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
L: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,85318
ポリマ－336,50312
非ポリマー1,3516
水00
1
I: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
J: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
K: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
L: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6186
ポリマ－112,1684
非ポリマー4502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area36880 Å2
手法PISA
2
E: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
F: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
G: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
H: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6186
ポリマ－112,1684
非ポリマー4502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area36960 Å2
手法PISA
3
A: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
B: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
C: Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase
D: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6186
ポリマ－112,1684
非ポリマー4502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area36950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.851, 187.337, 159.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II / FGAM synthase II


分子量: 69108.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: purL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0X3, phosphoribosylformylglycinamidine synthase
#2: タンパク質
Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase


分子量: 9656.207 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0X1, phosphoribosylformylglycinamidine synthase
#3: タンパク質 Phosphoribosylformylglycinamidine synthase 1 / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase I / FGAM synthase I


分子量: 23746.238 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: purQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0X2, phosphoribosylformylglycinamidine synthase
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 55% MPD, 0.1M HEPES, 7% xylitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→45.7 Å / Num. all: 93673 / Num. obs: 78498 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / % possible all: 66.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→45.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 127056.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE IDENTITY OF THE METAL ION PRESENT IN THE TMPURLQS STRUCTURE IS UNCERTAIN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 7909 10.1 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.252 78498 83.8 %-
all-93673 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.21 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.66 Å0.61 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.15 Å1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→45.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22500 0 84 0 22584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 1003 9.6 %
Rwork0.443 9420 -
obs--66.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1TEMP3.PARAMTEMP3.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ADP.PARAMADP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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