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- PDB-3d31: ModBC from Methanosarcina acetivorans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d31
タイトルModBC from Methanosarcina acetivorans
要素
  • Sulfate/molybdate ABC transporter, ATP-binding protein
  • Sulfate/molybdate ABC transporter, permease protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ATP-binding / Nucleotide-binding / Transport / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type tungstate transporter / molybdate ion transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / MetI-like fold / MetI-like / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily ...: / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / MetI-like fold / MetI-like / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Nucleic acid-binding proteins / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Molybdate/tungstate import ATP-binding protein WtpC / Sulfate/molybdate ABC transporter, permease protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gerber, S. / Comellas-Bigler, M. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Structural basis of trans-inhibition in a molybdate/tungstate ABC transporter.
著者: Gerber, S. / Comellas-Bigler, M. / Goetz, B.A. / Locher, K.P.
履歴
登録2008年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年5月17日Group: Data collection
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfate/molybdate ABC transporter, ATP-binding protein
B: Sulfate/molybdate ABC transporter, ATP-binding protein
C: Sulfate/molybdate ABC transporter, permease protein
D: Sulfate/molybdate ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,9936
ポリマ－143,4974
非ポリマー4962
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14540 Å2
ΔGint-128.4 kcal/mol
Surface area52630 Å2
手法PISA
2
A: Sulfate/molybdate ABC transporter, ATP-binding protein
C: Sulfate/molybdate ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9963
ポリマ－71,7492
非ポリマー2481
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-13.8 kcal/mol
Surface area31590 Å2
手法PISA
3
B: Sulfate/molybdate ABC transporter, ATP-binding protein
D: Sulfate/molybdate ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9963
ポリマ－71,7492
非ポリマー2481
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area31640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.840, 139.460, 207.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sulfate/molybdate ABC transporter, ATP-binding protein


分子量: 38907.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
株: C2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TTZ3
#2: タンパク質 Sulfate/molybdate ABC transporter, permease protein


分子量: 32841.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TTZ4
#3: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 200mM magnesium formate, 50mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9537, 0.9789, 1.2143, 1.2147
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年9月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97891
31.21431
41.21471
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 54491 / Num. obs: 42405 / % possible obs: 77.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル最高解像度: 3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXモデル構築
CNSv. 1.2精密化
XDSデータ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2993 -RANDOM
Rwork0.251 ---
all-54491 --
obs-42405 99.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9310 0 10 0 9320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.607
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0093
LS精密化 シェル最高解像度: 3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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