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万見
- PDB-3d29: Proteasome Inhibition by Fellutamide B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d29
タイトルProteasome Inhibition by Fellutamide B
要素
  • (Proteasome subunit ...) x 3
  • (proteasome endopeptidase ...) x 2
  • Fellutamide B
  • PRE10 isoform 1
  • PRE5 isoform 1
  • PRE6 isoform 1
  • PRE7 isoform 1
  • PRE8 isoform 1
  • PRE9 isoform 1
  • PUP2 isoform 1
  • PUP3 isoform 1
  • SCL1 isoform 1
キーワードHYDROLASE / anti-parallel beta-sheet structure flanked by alpha-helices / Cytoplasm / Nucleus / Protease / Proteasome / Threonine protease / Ubl conjugation / Phosphoprotein / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...proteasome core complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chorismate biosynthetic process / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / aromatic amino acid family biosynthetic process / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / amino acid biosynthetic process / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 ...DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Aldolase-type TIM barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 / SCL1 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 ...(3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 / SCL1 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PUP3 isoform 1 / PRE8 isoform 1 / Proteasome subunit beta / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Groll, M. / Hines, J. / Fahnestock, M. / Crews, M.C.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Proteasome Inhibition by Fellutamide B Induces Nerve Growth Factor Synthesis
著者: Hines, J. / Groll, M. / Fahnestock, M. / Crews, C.M.
履歴
登録2008年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年3月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRE8 isoform 1
B: PRE9 isoform 1
C: PRE6 isoform 1
D: PUP2 isoform 1
E: PRE5 isoform 1
F: PRE10 isoform 1
G: SCL1 isoform 1
H: proteasome endopeptidase complex
I: PUP3 isoform 1
J: Proteasome subunit beta
K: proteasome endopeptidase complex
L: PRE7 isoform 1
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta type-1
O: PRE8 isoform 1
P: PRE9 isoform 1
Q: PRE6 isoform 1
R: PUP2 isoform 1
S: PRE5 isoform 1
T: PRE10 isoform 1
U: SCL1 isoform 1
V: proteasome endopeptidase complex
W: PUP3 isoform 1
X: Proteasome subunit beta
Y: proteasome endopeptidase complex
Z: PRE7 isoform 1
1: Proteasome subunit beta
2: Proteasome subunit beta type-1
a: Fellutamide B
b: Fellutamide B
c: Fellutamide B
d: Fellutamide B
e: Fellutamide B
f: Fellutamide B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,74540
ポリマ－706,44734
非ポリマー1,2986
水23,9961332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.272, 301.580, 143.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 9種, 18分子 AOBPCQDRESFTGUIWLZ

#1: タンパク質 PRE8 isoform 1


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6L1BIF8, UniProt: P23639*PLUS
#2: タンパク質 PRE9 isoform 1


分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5PXC6, UniProt: P23638*PLUS
#3: タンパク質 PRE6 isoform 1


分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5Q273, UniProt: P40303*PLUS
#4: タンパク質 PUP2 isoform 1


分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5PXN2, UniProt: P32379*PLUS
#5: タンパク質 PRE5 isoform 1


分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5PTH4, UniProt: P40302*PLUS
#6: タンパク質 PRE10 isoform 1


分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5Q4M4, UniProt: P21242*PLUS
#7: タンパク質 SCL1 isoform 1


分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5PYC9, UniProt: P21243*PLUS
#9: タンパク質 PUP3 isoform 1


分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6L0YA22, UniProt: P25451*PLUS
#12: タンパク質 PRE7 isoform 1


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5Q0P3, UniProt: P23724*PLUS

-
Proteasome endopeptidase ... , 2種, 4分子 HVKY

#8: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast
参照: UniProt: A0A6A5Q449, UniProt: P25043*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast
参照: UniProt: A0A6A5Q5W3, UniProt: P30656*PLUS, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit ... , 3種, 6分子 JXM1N2

#10: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A6A5Q0W2, UniProt: P22141*PLUS
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: A0A8H8ULD3, UniProt: P30657*PLUS
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: bakers yeast / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

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タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 abcdef

#15: タンパク質・ペプチド
Fellutamide B


分子量: 373.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 1338分子

#16: 化合物
ChemComp-HXD / (3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / 3-OH-DODECANOATE / (R)-3-ヒドロキシドデカン酸


分子量: 216.317 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O3
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE ALDEHYDE OF FELLUTAMIDE B REACT WITH THR1 OGAMMA BY HEMIACETAL-FORMATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 % MPD; 0,1 M MES, 30 mM MgAc2, pH 6,8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 6,8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2006年4月28日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 331875 / Num. obs: 336246 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 2.6→2.63 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB Entry 1ryp

1ryp


解像度: 2.6→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3868824.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 15649 5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all0.2413 318163 --
obs0.24 314027 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9588 Å2 / ksol: 0.365621 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.89 Å20 Å2-3.85 Å2
2---26.95 Å20 Å2
3---13.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49548 0 234 1332 51114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 2649 5 %
Rwork0.346 49901 -
obs--98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4fel.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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