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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d29 | |||||||||
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| タイトル | Proteasome Inhibition by Fellutamide B | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / anti-parallel beta-sheet structure flanked by alpha-helices / Cytoplasm / Nucleus / Protease / Proteasome / Threonine protease / Ubl conjugation / Phosphoprotein / Zymogen | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報proteasome core complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...proteasome core complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Groll, M. / Hines, J. / Fahnestock, M. / Crews, M.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008タイトル: Proteasome Inhibition by Fellutamide B Induces Nerve Growth Factor Synthesis 著者: Hines, J. / Groll, M. / Fahnestock, M. / Crews, C.M. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 3d29.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb3d29.ent.gz | 1017.1 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 3d29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 3d29_validation.pdf.gz | 699.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 3d29_full_validation.pdf.gz | 886.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 3d29_validation.xml.gz | 242.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 3d29_validation.cif.gz | 331 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d29 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 1rypS S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 9種, 18分子 AOBPCQDRESFTGUIWLZ
| #1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() |
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-Proteasome endopeptidase ... , 2種, 4分子 HVKY
| #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A6A5Q449, UniProt: P25043*PLUS, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A6A5Q5W3, UniProt: P30656*PLUS, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome subunit ... , 3種, 6分子 JXM1N2
| #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 abcdef
| #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 373.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 1338分子 


| #16: 化合物 | ChemComp-HXD / ( #17: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| Has protein modification | Y |
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| 非ポリマーの詳細 | THE ALDEHYDE OF FELLUTAMID |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10 % MPD; 0,1 M MES, 30 mM MgAc2, pH 6,8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K PH範囲: 6,8 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
| 検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2006年4月28日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
| 放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 331875 / Num. obs: 336246 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.6→2.63 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.2 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成開始モデル: PDB Entry 1ryp 解像度: 2.6→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3868824.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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| 溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9588 Å2 / ksol: 0.365621 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 54 Å2
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| Refine analyze |
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
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| Xplor file |
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ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用




















PDBj















