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万見
- PDB-3d0y: Crystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0y
タイトルCrystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State at pH 6.5
要素(Protein S100- ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S100B / S100 / EF-hand / Metal-binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive thermogenesis / sympathetic neuron projection extension / RAGE receptor binding / S100 protein binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / ruffle / positive regulation of neuron differentiation ...adaptive thermogenesis / sympathetic neuron projection extension / RAGE receptor binding / S100 protein binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / ruffle / positive regulation of neuron differentiation / axonogenesis / central nervous system development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / tau protein binding / memory / calcium-dependent protein binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / learning or memory / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ostendorp, T. / Diez, J. / Heizmann, C.W. / Fritz, G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: The crystal structures of human S100B in the zinc- and calcium-loaded state at three pH values reveal zinc ligand swapping.
著者: Ostendorp, T. / Diez, J. / Heizmann, C.W. / Fritz, G.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-B
B: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9679
ポリマ－21,4822
非ポリマー4857
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area9410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.890, 58.150, 47.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Protein S100- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain


分子量: 10755.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pGEMEX-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04271
#2: タンパク質 Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain


分子量: 10727.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pGEMEX-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04271

-
非ポリマー , 4種, 188分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5 21% PEG5000MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→13 Å / Num. obs: 27707 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.54
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2H61 chain A and B

2h61


解像度: 1.5→13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.894 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26057 1386 5 %RANDOM
Rwork0.20559 ---
obs0.20835 26319 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.149 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20.07 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 19 181 1640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.9582038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0615187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.18626.58582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79215285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.927152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2740.222
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0191.5945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3721477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5283625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.64.5560
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 91 -
Rwork0.286 1730 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.31110.03443.50130.95791.255711.5485-0.0846-0.2750.18520.0812-0.03440.1814-0.0867-0.5080.1190.09930.04160.00780.0953-0.01110.1580.03933.27032.0855
23.61311.1829-0.2263.6618-0.64794.6914-0.037-0.63690.11160.28280.01830.0562-0.0731-0.29780.01870.0670.02230.02030.2508-0.03640.05125.4437-0.401416.6102
33.36122.495-0.72828.8845-4.81727.79590.11530.0051-0.05370.0622-0.0810.04380.05970.42-0.03430.0540.0024-0.02190.2161-0.06550.09615.6917-3.700718.5585
41.63711.92930.31489.05853.51033.86870.0626-0.2704-0.2452-0.0018-0.08010.0093-0.0235-0.03840.01750.08980.0006-0.0120.1009-0.00010.17910.4188-6.03475.769
53.64120.8286-1.1022.26621.999315.01790.1495-0.1957-0.1506-0.1309-0.14650.13690.538-0.8866-0.0030.129-0.0433-0.02030.0590.01810.16840.4826-7.5449-0.5325
64.1942-1.6598-0.46315.79841.11135.07760.01710.3399-0.3326-0.2837-0.0820.12280.40210.10210.0650.12530.02860.00020.0948-0.03250.11275.2894-4.5705-14.5991
74.3408-1.9031-0.63974.41060.40045.8613-0.01230.13160.1811-0.12780.0662-0.305-0.18870.8341-0.05390.0663-0.01040.02550.2443-0.02850.072814.15941.0395-17.083
85.107-4.5099-1.098316.13869.497810.12150.12390.02110.29090.0229-0.2395-0.2043-0.14850.09050.11570.0899-0.00960.00470.08530.01590.15099.57842.7566-3.4377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 161 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2AA17 - 4618 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3AA47 - 6648 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4AA67 - 8968 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5BB0 - 161 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6BB17 - 4418 - 45
7X-RAY DIFFRACTION7BB45 - 6646 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8BB67 - 8968 - 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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