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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cyu | ||||||
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タイトル | Human Carbonic Anhydrase II complexed with Cryptophane biosensor and xenon | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
![]() | LYASE / Zinc metalloenzyme / sulfonamide / cryptophane / xenon / biosensor / Disease mutation / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Aaron, J.A. / Jude, K.M. / Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a 129Xe-cryptophane biosensor complexed with human carbonic anhydrase II. 著者: Aaron, J.A. / Chambers, J.M. / Jude, K.M. / Di Costanzo, L. / Dmochowski, I.J. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 918.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 954.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lg6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 190分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/0CR.gif)
![](data/chem/img/1CR.gif)
![](data/chem/img/XE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/0CR.gif)
![](data/chem/img/1CR.gif)
![](data/chem/img/XE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-0CR / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-1CR / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 27-32% PEG 3350, 0.05M Tris-sulfate, 3.5mM 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日 |
放射 | モノクロメーター: double-bounce downward / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→38.72 Å / Num. all: 27728 / Num. obs: 27728 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 27.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2556 / % possible all: 90.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LG6 解像度: 1.7→38.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 85750.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.2781 Å2 / ksol: 0.378553 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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