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万見
- PDB-3cyf: Crystal Structure of E18N DJ-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cyf
タイトルCrystal Structure of E18N DJ-1
要素Protein DJ-1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / REACTIVE CYSTEINE / CHAPERONE / NUCLEUS / ONCOGENE / OXIDATION / PARKINSON DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly ...tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / protein deglycase activity / positive regulation of dopamine biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate biosynthetic process / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / membrane hyperpolarization / regulation of androgen receptor signaling pathway / insulin secretion / oxygen sensor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / nuclear androgen receptor binding / hydrogen peroxide metabolic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cuprous ion binding / androgen receptor signaling pathway / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / mitochondrion organization / adherens junction / positive regulation of protein-containing complex assembly / enzyme activator activity / Late endosomal microautophagy / PML body / mitochondrial intermembrane space / autophagy / kinase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / cellular response to hydrogen peroxide / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Aggrephagy / synaptic vesicle / glucose homeostasis / peptidase activity / cell body / regulation of inflammatory response / cellular response to oxidative stress / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Witt, A.C. / Lakshminarasimhan, M. / Remington, B.C. / Hasim, S. / Pozharski, E. / Wilson, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Cysteine pKa depression by a protonated glutamic acid in human DJ-1.
著者: Witt, A.C. / Lakshminarasimhan, M. / Remington, B.C. / Hasim, S. / Pozharski, E. / Wilson, M.A.
履歴
登録2008年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Other
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DJ-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0051
ポリマ－21,0051
非ポリマー00
水3,279182
1
A: Protein DJ-1

A: Protein DJ-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0102
ポリマ－42,0102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area2680 Å2
ΔGint-19.6 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.025, 75.025, 75.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein DJ-1 / Oncogene DJ-1


分子量: 21005.193 Da / 分子数: 1 / 変異: E18N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99497
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月11日 / 詳細: BENT CONICAL Si-MIRROR (Rh COATED)
放射モノクロメーター: BENT Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 32697 / Num. obs: 32697 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3216 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1P5F

1p5f


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.117 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18353 1656 5.1 %RANDOM
Rwork0.15848 ---
all0.15973 32639 --
obs0.15973 32639 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.857 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.11 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.068 Å0.066 Å
Luzzati sigma a-0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 0 182 1553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0611.9971963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6345197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58625.6653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27215260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.271157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.021074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.2728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21000
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6132991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.24931544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8292498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5493419
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 130 -
Rwork0.193 2209 -
obs-2339 98.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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