PDB-3cxn: Structure of the Urease Accessory Protein UreF from Helicobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cxn

タイトル

Structure of the Urease Accessory Protein UreF from Helicobacter pylori

要素

Urease accessory protein ureF

キーワード

CHAPERONE / HELICAL / Nickel

機能・相同性

機能・相同性情報

metabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Lam, R. / Johns, K. / Romanov, V. / Dong, A. / Wu-Brown, J. / Guthrie, J. / Dharamsi, A. / Thambipillai, D. / Mansoury, K. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a truncated urease accessory protein UreF from Helicobacter pylori.
著者: Lam, R. / Romanov, V. / Johns, K. / Battaile, K.P. / Wu-Brown, J. / Guthrie, J.L. / Hausinger, R.P. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2008年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cxn.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cxn.ent.gz	114.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cxn_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cxn_full_validation.pdf.gz	477.1 KB	表示
XML形式データ	3cxn_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	3cxn_validation.cif.gz	43.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/3cxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/3cxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3o1q-1 2wgl-2 3o1q-2 2wgl-1 2iy7-d 6k7t-d 7c6x-1 6umr-1 2c84-d 4opg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Urease accessory protein ureF

B: Urease accessory protein ureF

C: Urease accessory protein ureF

ヘテロ分子

94.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Urease accessory protein ureF

ヘテロ分子

B: Urease accessory protein ureF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Urease accessory protein ureF

C: Urease accessory protein ureF

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.225, 89.418, 66.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Urease accessory protein ureF 分子量: 31339.033 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09065
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 21% PEG MME 2000, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月22日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 112962 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.517 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.61	4.1	0.383	11208	0.781	1	99.1
1.61-1.67	4.2	0.276	11221	0.815	1	99.4
1.67-1.75	4.2	0.223	11266	0.883	1	99.5
1.75-1.84	4.2	0.169	11310	0.918	1	99.7
1.84-1.95	4.2	0.133	11310	1.238	1	99.8
1.95-2.1	4.2	0.08	11268	1.372	1	99.9
2.1-2.32	4.2	0.058	11381	1.53	1	99.9
2.32-2.65	4.2	0.049	11338	1.711	1	100
2.65-3.34	4.2	0.041	11377	2.261	1	100
3.34-50	4.1	0.036	11283	3.692	1	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	1.55	29.1	109939	2729
ANO_1	0.767	0	1.55	29.1	108434	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	6.75-29.1	0	1094	107
ISO_1	4.84-6.75	0	2248	142
ISO_1	3.97-4.84	0	2897	138
ISO_1	3.45-3.97	0	3460	146
ISO_1	3.09-3.45	0	3908	143
ISO_1	2.82-3.09	0	4330	141
ISO_1	2.61-2.82	0	4673	144
ISO_1	2.45-2.61	0	5040	142
ISO_1	2.31-2.45	0	5392	154
ISO_1	2.19-2.31	0	5664	138
ISO_1	2.09-2.19	0	6035	147
ISO_1	2-2.09	0	6266	135
ISO_1	1.92-2	0	6539	144
ISO_1	1.85-1.92	0	6744	132
ISO_1	1.79-1.85	0	6996	128
ISO_1	1.73-1.79	0	7284	139
ISO_1	1.68-1.73	0	7539	131
ISO_1	1.63-1.68	0	7754	128
ISO_1	1.59-1.63	0	7907	126
ISO_1	1.55-1.59	0	8169	124
ANO_1	6.75-29.1	0.366	1003	0
ANO_1	4.84-6.75	0.395	2232	0
ANO_1	3.97-4.84	0.502	2858	0
ANO_1	3.45-3.97	0.533	3435	0
ANO_1	3.09-3.45	0.543	3903	0
ANO_1	2.82-3.09	0.544	4326	0
ANO_1	2.61-2.82	0.576	4668	0
ANO_1	2.45-2.61	0.628	5037	0
ANO_1	2.31-2.45	0.669	5383	0
ANO_1	2.19-2.31	0.798	5585	0
ANO_1	2.09-2.19	0.787	5999	0
ANO_1	2-2.09	0.846	6171	0
ANO_1	1.92-2	0.885	6467	0
ANO_1	1.85-1.92	0.919	6621	0
ANO_1	1.79-1.85	0.946	6890	0
ANO_1	1.73-1.79	0.967	7169	0
ANO_1	1.68-1.73	0.977	7399	0
ANO_1	1.63-1.68	0.985	7596	0
ANO_1	1.59-1.63	0.991	7742	0
ANO_1	1.55-1.59	0.997	7950	0

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 112666

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.4-100	74	0.666	551
5.94-8.4	59	0.875	1303
4.85-5.94	56.5	0.919	1714
4.2-4.85	55.2	0.942	2013
3.76-4.2	56.7	0.934	2269
3.43-3.76	58.3	0.941	2542
3.18-3.43	58.1	0.929	2703
2.97-3.18	57.6	0.916	2944
2.8-2.97	57.3	0.912	3103
2.66-2.8	59.2	0.907	3295
2.53-2.66	60.6	0.908	3425
2.43-2.53	60.2	0.91	3629
2.33-2.43	61.4	0.907	3783
2.25-2.33	62.5	0.899	3881
2.17-2.25	63.5	0.911	4089
2.1-2.17	64.1	0.913	4193
2.04-2.1	67.8	0.918	4302
1.98-2.04	67.3	0.901	4463
1.93-1.98	70	0.868	4571
1.88-1.93	72	0.872	4660
1.83-1.88	72	0.834	4788
1.79-1.83	73.4	0.843	4891
1.75-1.79	76.9	0.854	5043
1.72-1.75	75.7	0.86	5133
1.68-1.72	77.8	0.851	5223
1.65-1.68	76.5	0.86	5366
1.62-1.65	79.2	0.848	5451
1.59-1.62	79.5	0.845	5482
1.55-1.59	81.6	0.776	7856

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→26.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.19 / SU B: 2.548 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	5637	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.188	112662	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.178 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→26.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4906	0	6	401	5313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.98	6980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.315	5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.517	26.104	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.328	15	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.248	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.124	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.868	1.5	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.393	2	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.326	3	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.642	4.5	1831

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.235	418	0.205	7885	8399	98.857
1.59-1.634	0.219	408	0.189	7615	8080	99.295
1.634-1.681	0.219	424	0.186	7454	7927	99.382
1.681-1.732	0.216	394	0.19	7273	7707	99.481
1.732-1.789	0.221	366	0.194	7054	7460	99.464
1.789-1.851	0.244	327	0.202	6794	7171	99.303
1.851-1.921	0.235	371	0.203	6487	6939	98.833
1.921-1.999	0.225	339	0.189	6356	6712	99.747
1.999-2.087	0.208	318	0.188	6075	6402	99.859
2.087-2.188	0.191	294	0.176	5883	6178	99.984
2.188-2.306	0.213	278	0.182	5527	5835	99.486
2.306-2.445	0.207	271	0.183	5276	5563	99.712
2.445-2.612	0.209	269	0.191	4895	5195	99.403
2.612-2.819	0.225	261	0.201	4568	4857	99.424
2.819-3.085	0.216	238	0.2	4228	4488	99.51
3.085-3.443	0.21	187	0.182	3871	4058	100
3.443-3.965	0.18	168	0.162	3434	3609	99.806
3.965-4.829	0.18	138	0.167	2905	3066	99.25
4.829-6.721	0.231	116	0.223	2276	2399	99.708
6.721-26.774	0.235	52	0.2	1169	1424	85.744

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8449	0.9111	-0.3715	1.7134	-0.4085	0.3097	-0.0087	0.0245	-0.0545	0.1441	-0.0288	-0.1004	-0.0148	-0.0019	0.0375	-0.0329	-0.0379	0.0044	-0.0098	-0.007	-0.0309	17.481	18.76	18.959
2	0.9843	-0.0948	0.0488	0.26	0.0897	0.3257	0.0731	0.0279	0.0346	-0.0019	-0.0413	-0.0587	0.0223	0.0153	-0.0319	-0.0394	0.0195	0.0074	-0.0111	0.0102	-0.0153	13.782	-7.722	-2.175
3	0.8131	0.2089	-0.0148	0.5453	0.1433	0.9436	0.0757	-0.0167	0.2089	0.1133	0.0316	-0.079	-0.0285	-0.0167	-0.1073	-0.0079	-0.0213	-0.03	-0.0702	-0.0161	0.0313	28.161	44.057	23.447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	27 - 233	47 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	25 - 233	45 - 253
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	25 - 233	45 - 253

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)