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- PDB-3cxm: Leishmania naiffi uracil-DNA glycosylase in complex with 5-bromouracil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cxm
タイトルLeishmania naiffi uracil-DNA glycosylase in complex with 5-bromouracil
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / base excision repair / BER / DNA damage repair / Leishmania / MSGPP / SGPP / glycosylase / 5-bromouracil / Structural Genomics / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / DNA repair / Glycosidase / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / URACIL / 5-bromopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania naiffi (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of Leishmania naiffi uracil-DNA glycosylase in complex with several ligands identified with fragment cocktail crystallography.
著者: Larson, E.T. / Merritt, E.A.
履歴
登録2008年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7615
ポリマ－30,2861
非ポリマー4754
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.320, 75.320, 105.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase


分子量: 30285.660 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 129-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leishmania naiffi (真核生物) / 遺伝子: similar to LbrM18_V2.0540 / プラスミド: AVA0421 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D0VWU0*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-URB / 5-bromopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione / 5-bromouracil / 5-ブロモウラシル


分子量: 190.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3BrN2O2
#4: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細1. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...1. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. 2. THE GENE USED IN THIS STUDY WAS CLONED FROM L. NAIFFI GENOMIC DNA USING PRIMERS DESIGNED FOR RESIDUES 129 TO 373 OF THE AVAILABLE L. BRAZILIENSIS SEQUENCE (UNIPROT ID A4H9F6_LEIBR). ACCORDINGLY, THE NUMBERING OF THE L. NAIFFI PROTEIN USED HERE FOLLOWS THAT OF THE L. BRAZILIENSIS HOMOLOG DESPITE THE LACK OF KNOWLEDGE OF THE FULL-LENGTH L. NAIFFI SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
解説: 1. The Blu-ice software package was used for data collection. The reference is: McPhillips T.M., McPhillips S.E., Chiu H.J., Cohen A.E., Deacon A.M., Ellis P.J., Garman E., Gonzalez A., ...解説: 1. The Blu-ice software package was used for data collection. The reference is: McPhillips T.M., McPhillips S.E., Chiu H.J., Cohen A.E., Deacon A.M., Ellis P.J., Garman E., Gonzalez A., Sauter N.K., Phizackerley R.P., Soltis S.M., Kuhn P., Blu-Ice and the Distributed Control System: software for data acquisition and instrument control at macromolecular crystallography beamlines. J.Synchrotron Radiat. 2002 Nov 1, 9(Pt 6):401-6. Epub 2002 Nov 1. PMID: 12409628. 2. The TLS motion determination server (http://skuld.bmsc.washington.edu/~tlsmd/) was used for selection of the TLS groups used in refinement. The reference is: Painter J. and Merritt E.A., TLSMD web server for the generation of multi-group TLS models. J.Appl.Cryst. 2006 Feb, 39(Pt 1):109-111. Epub 2006 Jan 12.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.3 M Potassium phosphate dibasic, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 5 mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 52821 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4325 / Χ2: 0.979 / % possible all: 79.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.66 Å
Translation2.5 Å37.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EUI

1eui


解像度: 1.5→37.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / WRfactor Rfree: 0.155 / WRfactor Rwork: 0.133 / SU B: 2.276 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16 2693 5.1 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.139 52760 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.353 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 24 240 2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9412883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9743.0013571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9265267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47522.981104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75215347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4011518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.03341257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6824495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25962038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4066851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.07310832
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5390.2881620.2562932402976.793
1.539-1.5810.2522020.2353291387490.165
1.581-1.6270.2411850.2143442379595.573
1.627-1.6770.2451610.1893510369399.404
1.677-1.7320.2181690.1723372354499.915
1.732-1.7920.1831790.1613301348299.943
1.792-1.860.1771790.1453124330499.97
1.86-1.9360.1521630.1423072323699.969
1.936-2.0220.1491600.13629043064100
2.022-2.120.1681600.13627782938100
2.12-2.2340.141360.12426692805100
2.234-2.3690.1681300.1232520265199.962
2.369-2.5320.1541180.13223672485100
2.532-2.7340.1571370.13621952332100
2.734-2.9930.1591190.13520232142100
2.993-3.3440.133940.1318501944100
3.344-3.8560.157640.11316431707100
3.856-4.710.122880.10813761464100
4.71-6.610.151560.13910781134100
6.61-37.6620.152310.15962065399.694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51430.20290.35550.56960.0691.3557-0.09960.03060.16950.02880.09530.0117-0.2577-0.09630.00430.11510.0346-0.01320.1250.0049-0.0036-43.33926.95311.055
28.1473-0.17750.31265.246-4.20613.33270.0222-0.3076-0.10820.19410.28070.278-0.1079-0.9143-0.30290.08650.03610.02030.22710.03530.0076-50.34718.12223.678
31.84341.0354-1.09541.4602-1.61723.7375-0.07890.05950.01250.10470.1255-0.0131-0.1957-0.2218-0.04660.120.0261-0.00290.0812-0.0169-0.0117-36.95725.41722.095
41.33271.1562-1.19881.3649-0.76881.75780.0423-0.1542-0.07060.1346-0.0866-0.1063-0.17220.1940.04420.1558-0.0115-0.01480.16430.00610.0489-27.85722.42124.733
53.44280.3415-0.44871.30610.51591.0744-0.0008-0.6369-0.56710.104-0.1107-0.26180.08590.25520.11150.0626-0.0476-0.01510.1630.10520.0631-13.50420.86327.72
60.70910.5547-0.03150.9279-0.00610.9895-0.04470.081-0.0551-0.0520.0329-0.0813-0.09150.07280.01180.1460.00320.00020.1392-0.0090.0358-31.70120.80115.832
73.9182-0.30760.58620.9275-0.89333.2095-0.03620.3374-0.9702-0.13290.0088-0.0540.1250.19580.02730.0937-0.02140.07640.0453-0.09640.244-21.56313.97911.14
82.10690.6033-0.38151.5813-0.15531.5327-0.0625-0.0252-0.3009-0.1262-0.1282-0.21610.02490.060.19070.1164-0.03990.01860.15680.01680.1142-12.83224.21916.423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA130 - 16625 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2AA167 - 17462 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3AA175 - 19570 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4AA196 - 22691 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5AA227 - 250122 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6AA251 - 302146 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7AA303 - 338198 - 233
8X-RAY DIFFRACTION8AA339 - 371234 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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