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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cwn | ||||||
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タイトル | Escherichia coli transaldolase b mutant f178y | ||||||
要素 | Transaldolase B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / transaldolase / aldolase / directed evolution / Cytoplasm / Pentose shunt | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transketolase or transaldolase activity / transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sandalova, T. / Schneider, G. / Samland, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Replacement of a Phenylalanine by a Tyrosine in the Active Site Confers Fructose-6-phosphate Aldolase Activity to the Transaldolase of Escherichia coli and Human Origin. 著者: Schneider, S. / Sandalova, T. / Schneider, G. / Sprenger, G.A. / Samland, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cwn.cif.gz | 276.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cwn.ent.gz | 224.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cwn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cwn_validation.pdf.gz | 447.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cwn_full_validation.pdf.gz | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cwn_validation.xml.gz | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cwn_validation.cif.gz | 44.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cwn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cwn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1onrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37476.543 Da / 分子数: 2 / 変異: F178Y, A247T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: W3110 / 遺伝子: talB, yaaK / プラスミド: pJF119EH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue 参照: UniProt: P0A870, UniProt: K0BE10*PLUS, transaldolase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18 % PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 25 mM glycylglycine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月26日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47 Å / Num. all: 135268 / Num. obs: 135268 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 13203 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 62 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ONR 解像度: 1.4→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.351 / SU ML: 0.025 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.546 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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