PDB-3cwm: Crystal structure of alpha-1-antitrypsin complexed with citrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cwm

タイトル

Crystal structure of alpha-1-antitrypsin complexed with citrate

要素

Alpha-1-antitrypsin

キーワード

PROTEASE INHIBITOR / antitrypsin / polymerisation / protein aggregation / protein unfolding / serpin / acute phase / disease mutation / glycoprotein / protease inhbitor / secreted / serine protease inhibitor / Blood coagulation

機能・相同性

機能・相同性情報

Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Morton, C.J. / Hansen, G. / Feil, S.C. / Adams, J.J. / Parker, M.W.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Preventing serpin aggregation: The molecular mechanism of citrate action upon antitrypsin unfolding.
著者: Pearce, M.C. / Morton, C.J. / Feil, S.C. / Hansen, G. / Adams, J.J. / Parker, M.W. / Bottomley, S.P.

履歴

登録	2008年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cwm.cif.gz	87.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cwm.ent.gz	66.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cwm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cwm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qugC 3cwlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qug-d 3ne4-d 5io1-1 2dut-1 1qlp-d 1oo8-d 3drm-d 1xqg-2 3dru-2 209 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (13) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-1-antitrypsin

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.183, 52.539, 207.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-1-antitrypsin / Alpha-1 protease inhibitor / Alpha-1- antiproteinase 分子量: 44410.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA1, AAT, PI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01009
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 27% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54179 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54179 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 14909 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	3.5	0.379	1	73.1
2.59-2.69	4.2	0.272	1	94.7
2.69-2.81	4.3	0.209	1	93.9
2.81-2.96	4.4	0.163	1	96.1
2.96-3.15	4.4	0.123	1	96.6
3.15-3.39	4.4	0.091	1	98.6
3.39-3.73	4.3	0.074	1	99.5
3.73-4.26	4.6	0.06	1	99.8
4.26-5.35	4.6	0.047	1	99.9
5.35-20	4.3	0.04	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→19.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 19.331 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.691 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	741	5 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.22	14859	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→19.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2937	0	13	80	3030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.974	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.023	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.763	25.704	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.601	15	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.134	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.507	1.5	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.91	2	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.171	3	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.866	4.5	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.574	43	-
R_work	0.407	894	-
obs	-	-	86.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.907	-1.5469	-0.7638	3.278	-0.748	11.4881	0.242	-0.3371	-0.0116	0.5521	0.0741	0.2406	-0.3213	-0.0695	-0.3161	0.1582	-0.019	-0.0191	0.2228	0.0421	0.0026	2.431	17.405	88.006
2	4.1219	1.2227	0.8282	2.0233	-2.0156	6.7313	0.3717	-0.0052	-0.7522	-0.2249	-0.092	0.5824	1.4685	-0.3344	-0.2797	0.8093	-0.0626	-0.1774	0.3981	0.1062	0.3924	0.844	-1.812	86.615
3	1.0293	0.1966	0.5922	0.9001	-0.2194	3.8387	0.0969	-0.2591	-0.0766	0.2889	0.0103	0.012	0.2118	0.0367	-0.1072	-0.0372	0.0027	-0.0101	0.0281	0.0106	-0.0164	4.15	15.38	71.68
4	5.2956	-0.2177	0.7195	2.3047	-0.3153	3.8195	-0.0261	-0.0861	-0.2732	0.0142	0.0086	0.2792	0.3411	-0.4448	0.0176	-0.0462	-0.0125	0.0164	-0.0321	-0.0222	-0.0284	-2.452	17.496	62.418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	24 - 98	24 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	99 - 170	99 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	171 - 342	171 - 342
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	343 - 393	343 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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