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万見
- PDB-3cw4: Large c-terminal domain of influenza a virus RNA-dependent polyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cw4
タイトルLarge c-terminal domain of influenza a virus RNA-dependent polymerase PB2
要素Polymerase basic protein 2
キーワードTRANSFERASE / RNA polymerase / Mitochondrion / mRNA capping / mRNA processing / Nucleus / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / vRNP Assembly / Viral Messenger RNA Synthesis / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / Viral mRNA Translation / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain ...Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kuzuhara, T. / Kise, D. / Yoshida, H. / Horita, T. / Murasaki, Y. / Utsunomiya, H. / Fujiki, H. / Tsuge, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the influenza A virus RNA polymerase PB2 RNA-binding domain containing the pathogenicity-determinant lysine 627 residue
著者: Kuzuhara, T. / Kise, D. / Yoshida, H. / Horita, T. / Murazaki, Y. / Nishimura, A. / Echigo, N. / Utsunomiya, H. / Tsuge, H.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月9日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2951
ポリマ－25,2951
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.527, 52.527, 156.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 25295.215 Da / 分子数: 1 / 断片: Large c-terminal domain PB2, UNP residues 535-759 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Plasmid details: plasmid / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P03428, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.2M formate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.07172, 1.07204, 1.05382
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.071721
21.072041
31.053821
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 7319 / Num. obs: 7328 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→34.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 15.07 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 5.141 / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29041 335 4.6 %RANDOM
Rwork0.23741 ---
obs0.23995 6940 98.74 %-
all-7319 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.776 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.57 Å21.28 Å20 Å2
2--2.57 Å20 Å2
3----3.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 0 0 86 1728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0221674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0631.9572260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.08833617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0875207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2710.22013
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2830.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2181.51032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9221668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9983642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4854.5592
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.505 19
Rwork0.314 513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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