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- PDB-3ctp: Crystal structure of periplasmic binding protein/LacI transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ctp
タイトルCrystal structure of periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator from Alkaliphilus metalliredigens QYMF complexed with D-xylulofuranose
要素Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / transcriptional regulator / L-xylulose / D-xylulofuranose / DNA-binding / Transcription regulation / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylulofuranose / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Alkaliphilus metalliredigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Meyer, A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator from Alkaliphilus metalliredigens QYMF complexed with L-xylulose.
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Meyer, A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1016
ポリマ－74,7552
非ポリマー3464
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-19.1 kcal/mol
Surface area20920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.172, 61.903, 74.362
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator


分子量: 37377.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkaliphilus metalliredigens (バクテリア)
株: QYMF / 遺伝子: Amet_0586 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A6TKU5
#2: 糖 ChemComp-XLF / beta-D-xylulofuranose / beta-D-xylulose / D-xylulose / xylulose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXulfbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylulofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XulfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.61 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 7.8 / 数: 713527 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.37 / D res high: 1.41 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 206130 / % possible obs: 96.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.045099.410.0493.0523.9
2.413.0410010.0651.9033.9
2.112.4110010.0791.4013.9
1.912.1110010.1091.0633.9
1.781.9110010.1680.8463.8
1.671.7810010.2480.7193.8
1.591.6799.710.310.6423.5
1.521.5998.410.390.6363.1
1.461.5296.610.5470.7982.6
1.411.4672.214.3451.8
反射解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 206130 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.368 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.41-1.461.8154674.345172.2
1.46-1.522.6205950.798196.60.547
1.52-1.593.1209700.636198.40.39
1.59-1.673.5212110.642199.70.31
1.67-1.783.8213340.71911000.248
1.78-1.913.8213010.84611000.168
1.91-2.113.9213491.06311000.109
2.11-2.413.9213731.40111000.079
2.41-3.043.9213231.90311000.065
3.04-503.9212073.052199.40.049

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.41→9.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.713 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 5140 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.183 102645 94.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4254 0 22 489 4765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.9716001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81925.535215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.90615808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2651518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3471.52706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.736204405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.33201724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8344.51596
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.446 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.573 200 -
Rwork0.524 3855 -
all-4055 -
obs--51.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2299-0.06110.08830.11990.02750.1959-0.01090.0215-0.01310.01510.00140.01320.008800.0095-0.0067-0.00240.0038-0.0118-0.0021-0.007426.392229.46094.7689
20.34040.0274-0.05570.12490.04510.1278-0.0099-0.02060.0034-0.02430.00180.004-0.0181-0.00980.008-0.00330.0015-0.0021-0.0113-0.001-0.012220.050341.92329.0128
30.0436-0.02820.01760.0182-0.01140.00710.03840.0540.00050.0089-0.0562-0.01850.0152-0.22870.01780.0023-0.0030.00080.0096-0.00910.002720.867735.688516.2578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2B60 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3A401 - 402
4X-RAY DIFFRACTION3B401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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