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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cs5 | ||||||
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タイトル | NblA protein from Synechococcus elongatus PCC 7942 | ||||||
![]() | Phycobilisome degradation protein nblA | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / phycobilisome / nutrient stress / bleaching / helix-turn-helix / partial merohedral twinning | ||||||
機能・相同性 | Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA superfamily / Phycobilisome degradation protein nblA / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Phycobilisome degradation protein NblA![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dines, M. / Sendersky, E. / Schwarz, R. / Adir, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural, Functional, and Mutational Analysis of the NblA Protein Provides Insight into Possible Modes of Interaction with the Phycobilisome 著者: Dines, M. / Sendersky, E. / David, L. / Schwarz, R. / Adir, N. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystallization of sparingly soluble stress-related proteins from cyanobacteria by controlled urea solublization 著者: Dines, M. / Sendersky, E. / Schwarz, R. / Adir, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7060.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% ethylene glycol, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月15日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 21001 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 9.75 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Q8V 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: This is a twinned structure, the detwin fraction is 0.479 and operator is 'h, -k, -l'.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.5 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.509 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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