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万見
- PDB-3crw: XPD_APO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3crw
タイトルXPD_APO
要素XPD/Rad3 related DNA helicase
キーワードHYDROLASE / XPD Helicase DNA Repair Cancer Aging / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA duplex unwinding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarase C; Chain B, domain 1 - #30 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 ...Fumarase C; Chain B, domain 1 - #30 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXACYANOFERRATE(3-) / ATP-dependent DNA helicase Saci_0192
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Fan, L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: XPD helicase structures and activities: insights into the cancer and aging phenotypes from XPD mutations.
著者: Fan, L. / Fuss, J.O. / Cheng, Q.J. / Arvai, A.S. / Hammel, M. / Roberts, V.A. / Cooper, P.K. / Tainer, J.A.
履歴
登録2008年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / struct
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _struct.title
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: XPD/Rad3 related DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2982
ポリマ－64,0861
非ポリマー2121
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.383, 69.805, 145.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 XPD/Rad3 related DNA helicase


分子量: 64086.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: Saci_0192 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4JC68, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-FC6 / HEXACYANOFERRATE(3-) / FERRI(III)HEXACYANIDE


分子量: 211.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6FeN6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.4M Citrate pH 5.6 15-20% PEG 4000 10% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: ALS 12.3.1
放射モノクロメーター: ALS 12.3.1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→43 Å / Num. obs: 9404 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 0 Å2
反射 シェル解像度: 2.98→3.11 Å / % possible all: 37.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CRV

3crv


解像度: 4→43 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: CROSS-VALIDATION METHOD: -> " THROUGHOUT" FREE R VALUE TEST SET SELECTION CRITERIA: -> " RANDOM" NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. POLYMER 3973 NONPOLYMER 13 SOLVENT 73 CNS ...詳細: CROSS-VALIDATION METHOD: -> " THROUGHOUT" FREE R VALUE TEST SET SELECTION CRITERIA: -> " RANDOM" NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. POLYMER 3973 NONPOLYMER 13 SOLVENT 73 CNS PARAMETER FILES: CNS_TOPPAR/PROTEIN_REP.PARAM CNS_TOPPAR/WATER.PARAM CNS_ TOPPAR/ION.PARAM FEC6.PAR CNS TOPOLOGY FILES: CNS_TOPPAR/ PROTEIN.TOP CNS_TOPPAR/CARBOHYDRATE.TOP CNS_TOPPAR/ION.TOP FEC6.PAR
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 367 7.6 %
Rwork0.237 --
obs0.237 9013 98.4 %
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 103.52 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 111.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.6 Å20 Å20 Å2
2---45.47 Å20 Å2
3---62.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3973 0 13 73 4059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg4.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 4→4.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.051
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 40 6.8 %
Rwork0.2 548 -
obs--97.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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