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- PDB-3crv: XPD_Helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3crv
タイトルXPD_Helicase
要素XPD/Rad3 related DNA helicase
キーワードHYDROLASE / XPD Helicase DNA Repair Cancer Aging / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA conformation change / DNA 5'-3' helicase / isomerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair ...DNA conformation change / DNA 5'-3' helicase / isomerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarase C; Chain B, domain 1 - #30 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type ...Fumarase C; Chain B, domain 1 - #30 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / ISOPROPYL ALCOHOL / IRON/SULFUR CLUSTER / ATP-dependent DNA helicase XPD
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fan, L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: XPD helicase structures and activities: insights into the cancer and aging phenotypes from XPD mutations.
著者: Fan, L. / Fuss, J.O. / Cheng, Q.J. / Arvai, A.S. / Hammel, M. / Roberts, V.A. / Cooper, P.K. / Tainer, J.A.
履歴
登録2008年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32018年9月5日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / struct
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _struct.title
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XPD/Rad3 related DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,14011
ポリマ－64,0861
非ポリマー1,05310
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.542, 70.222, 144.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 XPD/Rad3 related DNA helicase


分子量: 64086.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: Saci_0192 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4JC68, 加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 269分子

#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4M Citrate pH 5.6 15-20% PEG 4000 10% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.12710, 0.97931, 0.97899, 0.91837
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日
放射モノクロメーター: SSRL beamline 11-1 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.12711
20.979311
30.978991
40.918371
反射解像度: 2→42.58 Å / Num. all: 37481 / Num. obs: 37102 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Limit h max: 26 / Limit h min: 0 / Limit k max: 35 / Limit k min: 0 / Limit l max: 72 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 202396.95 / Observed criterion F min: 0.32
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→42.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 4505 Nonpolymer 55 Solvent 259 CNS ...詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 4505 Nonpolymer 55 Solvent 259 CNS Parameter files: CNS_TOPPAR/protein_rep.param CNS_TOPPAR/water.param flc.par ./par.fs4 ./sol.par CNS Topology files: CNS_TOPPAR/protein.top CNS_TOPPAR/carbohydrate.top sol.top top.fs4 flc.top
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3498 10 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.227 37481 --
obs0.227 35040 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 67.2777 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.65 Å2 / Biso mean: 42.92 Å2 / Biso min: 14.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å20 Å20 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4505 0 55 259 4819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.78
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.090.34740110.70.30533640.0174599376581.9
2.09-2.20.3123999.70.26437050.0164636410488.5
2.2-2.340.2844239.90.24338290.0144631425291.8
2.34-2.520.2844710.30.24439100.0134634435794
2.52-2.780.29447710.60.23540100.0134667448796.1
2.78-3.180.2874479.80.22940940.0144671454197.2
3.18-40.2114469.50.19942300.014735467698.8
4-42.580.2484589.40.2144000.0124937485898.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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