[日本語] English
万見
- PDB-3crd: NMR STRUCTURE OF THE RAIDD CARD DOMAIN, 15 STRUCTURES -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3crd
タイトルNMR STRUCTURE OF THE RAIDD CARD DOMAIN, 15 STRUCTURES
要素RAIDD
キーワードCASPASE RECRUITMENT DOMAIN / APOPTOSIS / HOMOPHILIC INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


death domain binding / endopeptidase complex / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of apoptotic signaling pathway / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / apoptotic signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / protease binding / protein-macromolecule adaptor activity ...death domain binding / endopeptidase complex / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of apoptotic signaling pathway / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / apoptotic signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / protease binding / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of apoptotic process / DNA damage response / nucleolus / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRADD, Death domain / Death domain-containing protein CRADD / RAIDD, CARD domain / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...CRADD, Death domain / Death domain-containing protein CRADD / RAIDD, CARD domain / Caspase recruitment domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Death domain-containing protein CRADD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Chou, J.J. / Matsuo, H. / Duan, H. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the RAIDD CARD and model for CARD/CARD interaction in caspase-2 and caspase-9 recruitment.
著者: Chou, J.J. / Matsuo, H. / Duan, H. / Wagner, G.
履歴
登録1998年7月24日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RAIDD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4531
ポリマ－11,4531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #3

-
要素

#1: タンパク質 RAIDD


分子量: 11453.228 Da / 分子数: 1 / 断片: CARD DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: HHHHHH HISTIDINE TAG WAS ADDED AT THE C-TERMINUS FOR EASE OF PURIFICATION
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78560

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY (1H
12113C
13115N)
14115N TOCSY-HSQC
1512D TOCSY
161HCCHTOCSY
171HNCA
181HN(CO)CA
191HN(CA)CB
1101HN(CO)CACB
1111HNCO
1121HN(CA)CO

-
試料調製

詳細内容: TRIS
試料状態pH: 8 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS750VarianUNITYPLUS7507501
Varian UNITY500VarianUNITY5005002
Varian UNITYPLUS500VarianUNITYPLUS5005003

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR3.851構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る