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万見
- PDB-3cq9: Crystal structure of the lp_1622 protein from Lactobacillus plant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cq9
タイトルCrystal structure of the lp_1622 protein from Lactobacillus plantarum. Northeast Structural Genomics Consortium target LpR114
要素Uncharacterized protein lp_1622
キーワードTRANSFERASE / Q88WK7_LACPL / THIAMINE PYROPHOSPHOKINASE / NESG / LPR114 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine diphosphokinase / thiamine diphosphokinase activity / thiamine binding / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamin pyrophosphokinase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Zhao, L. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Zhao, L. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the lp_1622 protein from Lactobacillus plantarum.
著者: Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Zhao, L. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein lp_1622
B: Uncharacterized protein lp_1622
C: Uncharacterized protein lp_1622
D: Uncharacterized protein lp_1622
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3808
ポリマ－101,9964
非ポリマー3844
水13,349741
1
A: Uncharacterized protein lp_1622
B: Uncharacterized protein lp_1622
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1904
ポリマ－50,9982
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-19.1 kcal/mol
Surface area18010 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein lp_1622
D: Uncharacterized protein lp_1622
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1904
ポリマ－50,9982
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-20.7 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.784, 194.031, 52.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER ACCORDING TO AGGREGATION SCREENING.

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein lp_1622


分子量: 25498.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)
生物種: Lactobacillus plantarum / 株: WCFS1 / NCIMB 8826 / 遺伝子: lp_1622 / プラスミド: pET21-23c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q88WK7, UniProt: F9UNZ6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97885, 0.97938, 0.96785
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978851
20.979381
30.967851
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 88438 / Num. obs: 88438 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Mean I/σ(I) obs: 19.3 / Num. unique all: 9348 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→44.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 660059.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 4261 4.9 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 86629 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.7811 Å2 / ksol: 0.345493 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å20 Å24.53 Å2
2---2.14 Å20 Å2
3----1.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6488 0 20 741 7249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 610 4.8 %
Rwork0.181 12187 -
obs--84.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4so4.parso4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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