PDB-3col: Crystal structure of putative transcription regulator from Lactob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3col

タイトル

Crystal structure of putative transcription regulator from Lactobacillus plantarum

要素

Putative transcription regulator

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Lactobacillus plantarum / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chang, C. / Bigelow, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative transcription regulator from Lactobacillus plantarum.
著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3col.cif.gz	85.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3col.ent.gz	70.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3col.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3col_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3col_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	3col_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	3col_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/3col ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/3col	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vpr-2 3vpr-1 2i10-d 3btj-1 1qvt-1 5mqq-2 3btl-1 1qvu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88984

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transcription regulator

B: Putative transcription regulator

ヘテロ分子

44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.213, 66.936, 93.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative transcription regulator 分子量: 21947.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) 生物種: Lactobacillus plantarum / 株: WCFS1 / NCIMB 8826 / 遺伝子: lp_3090 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q88T92, UniProt: F9USK4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20 % PEG 3000, 100 mM Na citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 24288 / Num. obs: 24247 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 27.27
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 5.71 / Num. unique all: 2372 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 9.321 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24618	1234	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18536	-	-	-
all	0.18838	24182	-	-
obs	0.18838	24182	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2713	0	6	302	3021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.353	1.947	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.222	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.846	24.754	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.915	15	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.106	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.241	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.832	1.5	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.396	2	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.349	3	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.476	4.5	937
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	86	-
R_work	0.183	1599	-
obs	-	-	95.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5881	-2.0277	0.3119	4.2656	-0.6404	7.227	-0.1579	0.0273	-0.2252	0.1094	0.0834	-0.0325	0.2706	0.3117	0.0745	-0.0963	0.0096	0.0185	-0.1676	-0.0181	-0.1551	46.4517	46.8968	23.5463
2	3.5546	-0.7943	-1.3883	0.6528	-0.0353	0.9701	-0.1072	0.4117	-0.0638	-0.0965	0.1097	0.0636	0.2326	-0.207	-0.0025	-0.0514	-0.0558	-0.0166	-0.0508	0.005	-0.0814	24.5536	55.5942	34.6643
3	2.7418	-1.2009	0.1972	2.9914	-1.7624	1.8843	-0.0348	-0.0673	-0.017	-0.0786	0.0764	0.063	0.098	0.034	-0.0416	-0.0231	-0.0056	0.0011	-0.0305	-0.0065	-0.018	27.7269	59.6739	47.0208
4	17.6097	5.2369	4.3428	12.5334	-1.926	4.35	0.4259	-0.0603	-0.6754	0.0278	-0.2957	-1.3537	0.1457	0.6252	-0.1302	-0.1286	0.0447	0.0173	-0.0464	-0.1616	0.2712	60.0857	66.4404	36.7953
5	2.7315	0.8448	-1.9192	0.8424	0.1674	2.875	0.0939	-0.3699	0.0689	0.3047	0.0319	-0.134	0.0471	0.2682	-0.1258	-0.0896	-0.0059	-0.0564	-0.0589	-0.0327	-0.0854	41.341	73.4831	52.2784
6	1.8514	-0.3131	0.2001	2.7081	-1.8303	3.775	0.002	0.034	0.1481	0.1338	0.0174	-0.0611	-0.1295	-0.0094	-0.0194	-0.0683	-0.0139	0.0265	-0.0546	-0.0203	-0.0116	30.1382	71.6664	45.4424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 55	10 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	56 - 143	59 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	144 - 193	147 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	8 - 55	11 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	56 - 143	59 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	144 - 193	147 - 196

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