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万見
- PDB-3cnm: Crystal Structure of Phenazine Biosynthesis Protein PhzA/B from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cnm
タイトルCrystal Structure of Phenazine Biosynthesis Protein PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194, DHHA complex
要素Phenazine biosynthesis protein A/B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / phenazine biosynthesis / imine / Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis protein A/B / Phenazine biosynthesis protein A/B / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-HHA / Phenazine biosynthesis protein A/B
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement of apo structure / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ahuja, E.G. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: PhzA/B catalyzes the formation of the tricycle in phenazine biosynthesis.
著者: Ahuja, E.G. / Janning, P. / Mentel, M. / Graebsch, A. / Breinbauer, R. / Hiller, W. / Costisella, B. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2008年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenazine biosynthesis protein A/B
B: Phenazine biosynthesis protein A/B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5497
ポリマ－43,0622
非ポリマー4875
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-14.5 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.090, 65.090, 161.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細dimer

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要素

#1: タンパク質 Phenazine biosynthesis protein A/B


分子量: 21531.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia sp. (バクテリア) / 株: R18194 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q396C9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-HHA / (2S,3S)-TRANS-2,3-DIHYDRO-3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / (2S,3S)-2,3-ジヒドロ-3-ヒドロキシアントラニル酸


分子量: 155.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 50 mM DHHA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9809 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日 / 詳細: SI(111) monochromator
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 48683 / Num. obs: 48675 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 7754 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: rigid body refinement of apo structure
開始モデル: 3B4O

3b4o


解像度: 1.65→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.23 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TLS-Refinement was used throughout (1 TLS body)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 2447 5 %RANDOM
Rwork0.15469 ---
obs0.15662 46189 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 34 377 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0212841
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3191.923863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1033.0014816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0145342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32323.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54915469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7581534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.22109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.21306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21528
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.410.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3420.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3610.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2051.52117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.531.5657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45722623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it431428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6864.51227
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 165 -
Rwork0.171 3361 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.0061 Å / Origin y: 5.9718 Å / Origin z: 79.8364 Å
111213212223313233
T-0.0908 Å20.007 Å20.0034 Å2--0.0724 Å2-0.0128 Å2---0.0599 Å2
L0.8688 °2-0.1781 °20.3567 °2-1.3452 °2-0.7116 °2--1.6569 °2
S-0.0139 Å °0.0522 Å °0.0372 Å °-0.0525 Å °0.0437 Å °-0.0875 Å °0.0301 Å °-0.037 Å °-0.0298 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B601 - 779
2X-RAY DIFFRACTION1A801 - 998
3X-RAY DIFFRACTION1B500 - 600
4X-RAY DIFFRACTION1A500 - 800
5X-RAY DIFFRACTION1B8 - 165
6X-RAY DIFFRACTION1A9 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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