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- PDB-3clz: The set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3clz
タイトルThe set and ring associated (SRA) domain of UHRF1 bound to methylated DNA
要素
  • 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'
  • 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
  • E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
キーワードLIGASE / CELL CYCLE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / DNA-BINDING / BASE FLIPPING / METAL BINDING / NUCLEASE / DNA REPLICATION / TRANSCRIPTIONAL SILENCING / CHROMATIN / PHOSPHORYLATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / UBL CONJUGATION / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC / ZINC-FINGER / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / histone H3 ubiquitin ligase activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / histone H3K9me2/3 reader activity / homologous recombination / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process ...positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / histone H3 ubiquitin ligase activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / histone H3K9me2/3 reader activity / homologous recombination / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / heterochromatin / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein autoubiquitination / : / DNA methylation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / epigenetic regulation of gene expression / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / spindle / nuclear matrix / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / heterochromatin formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone binding / nucleic acid binding / protein ubiquitination / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. ...SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Dong, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Dong, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for recognition of hemi-methylated DNA by the SRA domain of human UHRF1.
著者: Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Li, Y. / Duan, S. / Bronner, C. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2008年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
C: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
D: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
E: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
F: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'
G: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
H: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'
I: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
J: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'
K: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
L: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,45312
ポリマ－124,45312
非ポリマー00
水11,530640
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
E: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
F: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1133
ポリマ－31,1133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-17.9 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
G: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
H: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1133
ポリマ－31,1133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-18.2 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
I: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
J: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1133
ポリマ－31,1133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-17.3 kcal/mol
Surface area12910 Å2
手法PISA
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
K: 5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'
L: 5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1133
ポリマ－31,1133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-17.3 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.198, 111.359, 97.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / E.C.6.3.2.- / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and ...Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1 / Inverted CCAAT box-binding protein of 90 kDa / Transcription factor ICBP90 / Nuclear zinc finger protein Np95 / Nuclear protein 95 / HuNp95 / RING finger protein 106


分子量: 23769.557 Da / 分子数: 4 / 断片: SRA DOMAIN (UNP residues 414-617) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF1, ICBP90, NP95, RNF106 / プラスミド: PNIC-CH / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96T88, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: DNA鎖
5'-D(*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3'


分子量: 3743.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖
5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DCP*DC)-3'


分子量: 3600.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12 % PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M NACL, 0.001 M TCEP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 150011
2BIS-TRIS11
3NACL11
4TCEP11
5H2O11
6PEG 150012
7BIS-TRIS12
8NACL12
9TCEP12
10H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96863 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 81560 / Num. obs: 81560 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 9.77
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Rsym value: 0.715 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BI7

3bi7


解像度: 2.2→38.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 11.023 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23147 4085 5 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.19097 77359 99 %-
all-81444 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6490 1948 0 652 9090
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0218849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6652.2212390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9635829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06222.982342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.226151025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2341562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.23447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.25673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.45734163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27146512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79856110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.79275878
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 253 -
Rwork0.294 5314 -
obs--92.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48520.3088-1.71282.51011.97873.35840.02130.0770.3044-0.254-0.01870.1127-0.3722-0.0717-0.00260.0910.0125-0.0016-0.02130.02340.107832.8333-12.435312.975
27.86194.55050.80757.7706-1.90646.4844-0.0452-0.09810.7308-0.22140.05140.3427-0.3954-0.4822-0.00620.07440.05460.01760.0710.01280.116726.1658-15.23712.0499
32.76680.04340.09240.97990.15910.4886-0.0195-0.0519-0.27160.03550.01090.03390.0916-0.10070.00870.0983-0.01760.01250.07520.0130.098327.6723-29.418613.8916
44.67310.4431-2.52192.575-1.31363.9834-0.09920.5268-0.4844-0.12330.06070.09340.2923-0.4940.03850.0665-0.071-0.01820.0298-0.05460.082730.3969-34.16881.3775
52.2259-0.2495-0.31311.69221.27753.7955-0.04180.11940.0157-0.02160.0585-0.01280.0194-0.1318-0.01670.0871-0.0125-0.00890.03030.03010.128438.957-24.18688.2367
647.1274-14.8984-18.22086.51714.9027.4522-1.3181-2.1465-2.94071.01740.14130.57341.29720.0411.17670.16810.0018-0.01580.1350.06450.029139.4667-27.310824.8995
72.3406-0.0981-0.40811.120.46171.4577-0.0487-0.0201-0.24950.06580.02870.05050.1774-0.02640.020.0817-0.01670.00230.02220.02030.091835.2947-30.886212.7836
80.25370.6085-0.30787.40585.88137.74320.00810.03850.2875-0.1030.013-0.4978-0.48480.3352-0.0210.0225-0.0363-0.0110.0374-0.02450.147147.8423-17.695314.3418
913.5566-0.6298-3.3254.35631.75256.69710.3819-0.38231.10960.1567-0.1253-0.2534-0.45090.1341-0.25660.1143-0.0334-0.0152-0.0422-0.06360.166740.0534-6.853621.5878
1027.53372.476110.04220.726-3.297738.72140.6508-1.23791.22581.55670.12510.643-1.6313-3.3108-0.77590.29330.04230.28060.0148-0.25050.029923.6969-3.666934.1362
113.81560.4066-2.73552.267-1.93396.3250.2106-0.10980.50240.3712-0.0808-0.1119-0.44360.1836-0.12980.079-0.0030.0244-0.0641-0.03190.158467.1846-12.6249-12.1853
123.12670.1360.03961.5424-0.03772.4846-0.0136-0.1163-0.1185-0.01110.0531-0.07810.0253-0.0231-0.03950.10230.00260.01960.03270.00360.110967.6229-25.8259-11.9266
131.55040.587-0.56330.4613-0.18211.2536-0.04490.0811-0.3718-0.1794-0.072-0.1340.16910.18710.11690.09210.03040.02110.07540.00030.123676.5957-32.5904-16.8514
140.16540.1771-0.86465.82255.539811.93830.0634-0.1119-0.19320.07210.1022-0.56950.29580.4969-0.16560.04290.0365-0.01570.10530.03190.127172.3007-32.1864-3.7248
153.0370.3926-0.84921.1793-0.72432.84570.0577-0.3163-0.2180.0897-0.03320.02930.21280.3006-0.02450.07290.01130.00050.0391-0.00230.08961.5176-29.262-4.4808
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18X-RAY DIFFRACTION18BJ593 - 604181 - 192
19X-RAY DIFFRACTION19BJ605 - 616193 - 204
20X-RAY DIFFRACTION20BJ - N617 - 626205 - 2
21X-RAY DIFFRACTION21CK416 - 4424 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22CK443 - 46231 - 50
23X-RAY DIFFRACTION23CK463 - 50051 - 88
24X-RAY DIFFRACTION24CK501 - 52589 - 113
25X-RAY DIFFRACTION25CK526 - 545114 - 133
26X-RAY DIFFRACTION26CK546 - 571134 - 159
27X-RAY DIFFRACTION27CK572 - 592160 - 180
28X-RAY DIFFRACTION28CK593 - 604181 - 192
29X-RAY DIFFRACTION29CK605 - 611193 - 199
30X-RAY DIFFRACTION30CK612 - 619200 - 207
31X-RAY DIFFRACTION31DL416 - 4364 - 24
32X-RAY DIFFRACTION32DL437 - 44325 - 31
33X-RAY DIFFRACTION33DL444 - 48132 - 69
34X-RAY DIFFRACTION34DL482 - 49470 - 82
35X-RAY DIFFRACTION35DL495 - 51583 - 103
36X-RAY DIFFRACTION36DL516 - 545104 - 133
37X-RAY DIFFRACTION37DL546 - 572134 - 160
38X-RAY DIFFRACTION38DL573 - 592161 - 180
39X-RAY DIFFRACTION39DL593 - 616181 - 204
40X-RAY DIFFRACTION40DL - P617 - 625205 - 1
41X-RAY DIFFRACTION41EA1 - 41 - 4
42X-RAY DIFFRACTION42EA5 - 85 - 8
43X-RAY DIFFRACTION43EA9 - 129 - 12
44X-RAY DIFFRACTION44FB1 - 61 - 6
45X-RAY DIFFRACTION45FB7 - 127 - 12
46X-RAY DIFFRACTION46GC1 - 41 - 4
47X-RAY DIFFRACTION47GC5 - 85 - 8
48X-RAY DIFFRACTION48GC9 - 129 - 12
49X-RAY DIFFRACTION49HD1 - 61 - 6
50X-RAY DIFFRACTION50HD7 - 127 - 12
51X-RAY DIFFRACTION51IE1 - 41 - 4
52X-RAY DIFFRACTION52IE5 - 85 - 8
53X-RAY DIFFRACTION53IE9 - 129 - 12
54X-RAY DIFFRACTION54JF1 - 61 - 6
55X-RAY DIFFRACTION55JF7 - 127 - 12
56X-RAY DIFFRACTION56KG1 - 41 - 4
57X-RAY DIFFRACTION57KG5 - 85 - 8
58X-RAY DIFFRACTION58KG9 - 129 - 12
59X-RAY DIFFRACTION59LH1 - 41 - 4
60X-RAY DIFFRACTION60LH5 - 85 - 8
61X-RAY DIFFRACTION61LH9 - 129 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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