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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3clq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a conserved protein of unknown function from Enterococcus faecalis V583 | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC29596.3 / conserved protein of unknown function / Enterococcus faecalis V583 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() conserved protein of unknown function from Enterococcus faecalis V583 / v583 fold / v583 domain like / Enterococcus faecalis V583 fold / Enterococcus faecalis V583 domain / Protein of unknown function DUF1116 / Uncharacterised domain superfamily, YlbE / Protein of unknown function (DUF1116) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...conserved protein of unknown function from Enterococcus faecalis V583 / v583 fold / v583 domain like / Enterococcus faecalis V583 fold / Enterococcus faecalis V583 domain / Protein of unknown function DUF1116 / Uncharacterised domain superfamily, YlbE / Protein of unknown function (DUF1116) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a conserved protein of unknown function from Enterococcus faecalis V583. 著者: Tan, K. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 267.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 531.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. BASED ON THE CRYSTAL STRUCTURE, CHAINS A,B LIKELY FORM A DIMER, AND CHAINS C,D LIKELY FORM ANOTHER DIMER. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45954.180 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 57-474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, 25% w/v PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日 / 詳細: Mirrors | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→43.03 Å / Num. all: 62694 / Num. obs: 62694 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 22.9 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 3223 / % possible all: 54.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.801 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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