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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cl8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Puue Allantoinase complexed with ACA | ||||||
![]() | Puue Allantoinase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Allantoine / Allantoinase / uric acid degradation / amino imidazole carboximide | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramazzina, I. / Cendron, L. / Folli, C. / Berni, R. / Monteverdi, D. / Zanotti, G. / Percudani, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Logical identification of an allantoinase analog (puuE) recruited from polysaccharide deacetylases 著者: Ramazzina, I. / Cendron, L. / Folli, C. / Berni, R. / Monteverdi, D. / Zanotti, G. / Percudani, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35468.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED IN GENEBANK, WITH ACCESSION CODE EU293536, AND IT WILL BE LOCATED ...THIS SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED IN GENEBANK, WITH ACCESSION CODE EU293536, AND IT WILL BE LOCATED IN UNIPROTKB LATER. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M NaCacodylate, pH 6.5, 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→69.2 Å / Num. all: 24175 / Num. obs: 24175 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3346 / % possible all: 83.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3CL6 解像度: 2.25→69.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 7.602 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.692 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.549 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→69.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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