PDB-3ckv: Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ckv

タイトル

Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / mycobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid body refinement / 解像度: 2 Å

データ登録者

Marland, Z. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a UDP-glucose-specific glycosyltransferase from a Mycobacterium species.
著者: Fulton, Z. / McAlister, A. / Wilce, M.C. / Brammananth, R. / Zaker-Tabrizi, L. / Perugini, M.A. / Bottomley, S.P. / Coppel, R.L. / Crellin, P.K. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.

履歴

登録	2008年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ckv.cif.gz	73 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ckv.ent.gz	54.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ckv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ckv_validation.pdf.gz	898.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ckv_full_validation.pdf.gz	902.9 KB	表示
XML形式データ	3ckv_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	3ckv_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ckjC 3cknC 3ckoC 3ckqC 3kco 3kcq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cko-1 2ik9-d 3h2m-1 3ckq-1 3tyc-1 5dmn-d 4y6u-1 4nir-1 3qvm-d 5jt0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.967, 86.967, 103.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 34827.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア) 株: K-10 / 参照: UniProt: Q73WU1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 M Ammonium sulphate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 mM Manganese chloride, 1 mM Sodium thiosulphate, 100 mM uridine-5 -diphosphate-N-acetyl-glucosamine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0053 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0053 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→43.48 Å / Num. all: 27634 / Num. obs: 26692 / 冗長度: 9.5 % / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	最高解像度: 2 Å / R_sym value: 0.684

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Rigid body refinement / 解像度: 2→43.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.477 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24176	879	3.2 %	RANDOM
R_work	0.22457	-	-	-
obs	0.22509	26692	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.082 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2232	0	38	48	2318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.432	2.005	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.998	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.692	23.187	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.076	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.262	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.573	1.5	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.991	2	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.422	3	920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.094	4.5	794
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	70	-
R_work	0.316	1949	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2733	-1.7241	-0.4274	3.8576	3.5966	3.5673	-0.3957	-1.4987	-0.8165	2.1112	0.5956	-0.449	1.5752	1.7463	-0.1999	1.5675	0.4728	0.0847	0.0958	0.4667	-0.0345	24.5866	12.2636	30.5114
2	1.2109	-1.3325	-1.3686	4.2548	0.647	3.7509	-0.406	-0.332	-0.1636	1.1043	0.0134	1.2107	0.654	-0.62	0.3925	0.5036	-0.0966	0.3499	0.1248	-0.0202	0.4157	7.2114	26.8444	24.8123
3	2.0709	-1.0082	-1.0868	3.7142	1.7361	4.8217	-0.2202	-0.4196	-0.1533	0.8822	0.1953	0.0705	0.6887	0.3472	0.0249	0.3575	0.0549	-0.0264	0.1184	0.0316	0.2107	23.8901	23.0455	16.7405
4	0.9029	-0.5079	2.6255	0.2857	-1.4768	7.6344	-0.6181	0.3304	-0.6767	1.0255	0.2486	1.448	0.8822	-1.9321	0.3694	0.7125	-0.1014	0.2698	0.1879	0.22	0.6872	10.8796	14.1578	14.13
5	3.3925	-0.6695	0.7388	3.0922	1.5158	4.8043	0.112	0.2999	-0.1391	-0.0911	-0.2759	0.4304	-0.1446	-0.4053	0.1639	0.1108	0.0239	-0.0594	0.1527	-0.0426	0.3096	13.793	27.9264	-3.167
6	3.684	0.5259	0.8101	5.7525	3.4606	8.5246	0.0737	-0.3085	0.212	0.46	0.0062	0.1259	-0.4182	-0.119	-0.0799	0.2852	0.011	0.0264	0.1036	-0.035	0.3389	17.0527	39.076	15.5046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 48	15 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 156	49 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	157 - 255	157 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	256 - 269	256 - 269
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	270 - 312	270 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	313 - 329	313 - 329

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