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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cku | ||||||
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タイトル | Urate oxidase from aspergillus flavus complexed with its inhibitor 8-azaxanthin and chloride | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / URIC ACID DEGRADATION / 8-AZAXHANTIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Colloc'h, N. / Prange, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2008 タイトル: Oxygen pressurized X-ray crystallography: probing the dioxygen binding site in cofactorless urate oxidase and implications for its catalytic mechanism. 著者: Colloc'h, N. / Gabison, L. / Monard, G. / Altarsha, M. / Chiadmi, M. / Marassio, G. / Sopkova-de Oliveira Santos, J. / El Hajji, M. / Castro, B. / Abraini, J.H. / Prange, T. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of the protein drug urate oxidase-inhibitor complex at 2.05 A resolution. 著者: Colloc'h, N. / el Hajji, M. / Bachet, B. / L'Hermite, G. / Schiltz, M. / Prange, T. / Castro, B. / Mornon, J.P. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Complexed and ligand-free high-resolution structures of urate oxidase (Uox) from Aspergillus flavus: a reassignment of the active-site binding mode. 著者: Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El-Hajji, M. / Mornon, J.P. / Monard, G. / Prange, T. #3: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007 タイトル: Protein crystallography under xenon and nitrous oxide pressure: comparison with in vivo pharmacology studies and implications for the mechanism of inhaled anesthetic action. 著者: Colloc'h, N. / Sopkova-de Oliveira Santos, J. / Retailleau, P. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Langlois d'Estainto, B. / Gallois, B. / Brisson, A. / Risso, J.J. / Lemaire, M. / Prange, T. / Abraini, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cku.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cku.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cku_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cku_full_validation.pdf.gz | 434.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cku_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cku_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3cku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3cku | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 属: UAZ, UOX / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-AZA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2MG/ML 8-AZAXANTHIN, 0.3M SODIUM CHLORIDE, 0.05M TRIS/HCL, 10-15% W/V PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.964 / 波長: 0.964 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月12日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.964 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→10 Å / Num. all: 43251 / Num. obs: 42048 / % possible obs: 99.63 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0555 / Rsym value: 0.0531 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / Num. unique all: 6302 / Rsym value: 0.084 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1R4S 解像度: 1.7→10 Å / Num. parameters: 10759 / Num. restraintsaints: 9913 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2651 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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