PDB-3ckm: LpoA (YraM) C-domain from Haemophilus influenzae, a regulator of PBP1A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ckm

タイトル

LpoA (YraM) C-domain from Haemophilus influenzae, a regulator of PBP1A

要素

YRAM (HI1655)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / YraM / periplasmic-binding protein / lipoprotein / unliganded / PBP1A / TRANSPEPTIDASE / PEPTIDOGLYCAN

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic side of cell outer membrane / peptidoglycan biosynthetic process / enzyme regulator activity / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of YraM, a protein essential for growth of Haemophilus influenzae.
著者: Vijayalakshmi, J. / Akerley, B.J. / Saper, M.A.

履歴

登録	2008年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2008年5月13日	ID: 2H4A
改定 1.0	2008年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct / struct_keywords Item: _struct.title / _struct_keywords.text
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ckm.cif.gz	153.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ckm.ent.gz	120.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ckm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kcn 5vat 5vbg
類似構造データ	5aj8-d 5s34-d 5rsf-d 5s2d-d 6xj7-1 5vcy-d 5rv5-d 5t1p-8 5s2t-d 6pq1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YRAM (HI1655)

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.907, 50.644, 63.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-917- HOH

#1: タンパク質	YRAM (HI1655) / LpoA 分子量: 36225.055 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 256-573 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: Rd KW20 / 遺伝子: YraM / プラスミド: pETBlue-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) pLacI / 参照: UniProt: P45299
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THE CHEMICAL IDENTITY OF BME A 583 IS UNKNOWN BUT MODELED AS BETA-MERCAPTOETHANOL
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.0M Li sulfate monohydrate, 2% W/V PEG 8000 and 0.05% BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 165 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.97857,0.97843,0.96321

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 / 詳細: Si(111)Monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97857	1
2	0.97843	1
3	0.96321	1

Reflection

冗長度: 5.58 % / Av σ(I) over netI: 10.8 / 数: 596801 / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.51 / D res high: 1.09 Å / D res low: 47.1 Å / Num. obs: 106384 / % possible obs: 76.7

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
2.35	47.1	98.7	0.071	3.66	6.12	1377
1.87	2.35	100	0.099	1.8	6.22	929
1.63	1.87	99.9	0.172	1.15	6.16	667
1.48	1.63	99.7	0.291	0.98	6.13	284
1.38	1.48	99.3	0.459	0.94	6.15	107
1.29	1.38	97.7	0.584	0.95	5.72	52
1.23	1.29	77.9	0.632	0.93	4.21	17
1.18	1.23	53	0.674	0.96	3.64	10
1.13	1.18	29.9	0.705	0.98	3.34	7
1.09	1.13	10.1	0.717	0.98	2.87	2

反射

解像度: 1.35→47.1 Å / Num. all: 144362 / Num. obs: 143557 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.14 % / B_iso Wilson estimate: 14.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 12.2 / Scaling rejects: 3409

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	Χ²	% possible all
1.35-1.4	3.1	0.428	2.8	44648	44554	14456	14350	1.05	99.3
1.4-1.45	3.11	0.361	3.2	44712	44635	14402	14332	1.03	99.5
1.45-1.52	3.11	0.276	3.9	44741	44619	14408	14354	1	99.6
1.52-1.6	3.1	0.203	4.9	44933	44774	14452	14425	0.97	99.8
1.6-1.7	3.13	0.152	6.1	45320	45164	14439	14425	0.92	99.9
1.7-1.83	3.16	0.103	8.3	45960	45720	14481	14466	0.86	99.9
1.83-2.02	3.18	0.07	11.7	46058	45766	14418	14398	0.81	99.9
2.02-2.31	3.19	0.048	18.4	46279	45864	14399	14371	0.89	99.8
2.31-2.91	3.22	0.038	24	47065	46513	14466	14441	0.97	99.8
2.91-47.1	3.1	0.025	38.7	44744	43442	14441	13995	1.13	96.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9786	3.39	-10.06
1	3 wavelength	2	0.9784	5.05	-8.13
1	3 wavelength	3	0.9632	3.72	-3.11

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	21.054	0.19	0.002	0.134	0.623
2	Se	17.01	0.857	0.399	0.278	0.533
3	Se	18.774	0.754	0.234	0.191	0.776
4	Se	16.239	0.432	0.037	0.233	0.524
5	Se	16.521	0.346	0.209	0.306	0.519
6	Se	25.49	0.702	0.394	0.034	0.537
7	Se	18.836	0.787	0.3	0.063	0.628
8	Se	28.33	0.114	0.46	0.249	0.631
9	Se	30.641	0.54	0.308	0.132	0.328

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.3D	データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.4.0034	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.35→38.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 1.766 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FRIEDEL PAIRS WERE AVERAGED FOR REFINEMENT. RESIDUES 346-359, 428 (SIDE CHAIN), 429, 430 HAVE NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. COORDINATES ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	7201	9.8 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.16	73215	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.197 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→38.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2433	0	9	353	2795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.958	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.636	3	3960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.31	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.779	26.05	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.622	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.455	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.007	0.02	386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.616	1.5	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.898	1.5	645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.456	2	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.53	3	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.018	4.5	853
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.598	3	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.731	3	354
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.238	3	4061

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.255	513	0.22	4815	5438	4815	97.977
1.385-1.423	0.246	503	0.206	4727	5269	4727	99.26
1.423-1.464	0.257	483	0.186	4614	5127	4614	99.415
1.464-1.509	0.217	504	0.169	4477	5004	4477	99.54
1.509-1.559	0.194	439	0.159	4358	4815	4358	99.626
1.559-1.613	0.176	489	0.141	4169	4669	4169	99.764
1.613-1.674	0.194	451	0.14	4089	4546	4089	99.868
1.674-1.742	0.189	411	0.134	3905	4320	3905	99.907
1.742-1.82	0.164	430	0.132	3775	4205	3775	100
1.82-1.908	0.182	378	0.132	3598	3978	3598	99.95
1.908-2.011	0.166	391	0.133	3407	3798	3407	100
2.011-2.133	0.175	353	0.127	3250	3606	3250	99.917
2.133-2.279	0.182	326	0.138	3060	3388	3060	99.941
2.279-2.461	0.182	321	0.142	2836	3157	2836	100
2.461-2.695	0.187	294	0.151	2618	2912	2618	100
2.695-3.012	0.208	280	0.164	2377	2658	2377	99.962
3.012-3.474	0.2	223	0.172	2108	2331	2108	100
3.474-4.246	0.172	202	0.159	1782	2001	1782	99.15
4.246-5.97	0.204	130	0.172	1373	1550	1373	96.968
5.97-38.954	0.288	80	0.243	676	894	676	84.564

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)