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- PDB-3ckm: LpoA (YraM) C-domain from Haemophilus influenzae, a regulator of PBP1A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ckm
タイトルLpoA (YraM) C-domain from Haemophilus influenzae, a regulator of PBP1A
要素YRAM (HI1655)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / YraM / periplasmic-binding protein / lipoprotein / unliganded / PBP1A / TRANSPEPTIDASE / PEPTIDOGLYCAN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic side of cell outer membrane / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein activator LpoA / LppC putative lipoprotein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Penicillin-binding protein activator LpoA
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of YraM, a protein essential for growth of Haemophilus influenzae.
著者: Vijayalakshmi, J. / Akerley, B.J. / Saper, M.A.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of the Haemophilus influenzae peptidoglycan synthase activator LpoA suggest multiple conformations in solution.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Vijayalakshmi, J. / Tirupati, B. / Fan, L. / Saper, M.A.
履歴
登録2008年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年5月13日ID: 2H4A
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct / struct_keywords
Item: _struct.title / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YRAM (HI1655)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3993
ポリマ－36,2251
非ポリマー1742
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.907, 50.644, 63.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-917-

HOH

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要素

#1: タンパク質 YRAM (HI1655) / LpoA


分子量: 36225.055 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 256-573 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 遺伝子: YraM / プラスミド: pETBlue-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) pLacI / 参照: UniProt: P45299
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE CHEMICAL IDENTITY OF BME A 583 IS UNKNOWN BUT MODELED AS BETA-MERCAPTOETHANOL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0M Li sulfate monohydrate, 2% W/V PEG 8000 and 0.05% BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 165 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.97857,0.97843,0.96321
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 / 詳細: Si(111)Monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978571
20.978431
30.963211
Reflection冗長度: 5.58 % / Av σ(I) over netI: 10.8 / 数: 596801 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.51 / D res high: 1.09 Å / D res low: 47.1 Å / Num. obs: 106384 / % possible obs: 76.7
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
2.3547.198.70.0713.666.121377
1.872.351000.0991.86.22929
1.631.8799.90.1721.156.16667
1.481.6399.70.2910.986.13284
1.381.4899.30.4590.946.15107
1.291.3897.70.5840.955.7252
1.231.2977.90.6320.934.2117
1.181.23530.6740.963.6410
1.131.1829.90.7050.983.347
1.091.1310.10.7170.982.872
反射解像度: 1.35→47.1 Å / Num. all: 144362 / Num. obs: 143557 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.14 % / Biso Wilson estimate: 14.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 12.2 / Scaling rejects: 3409
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsΧ2% possible all
1.35-1.43.10.4282.8446484455414456143501.0599.3
1.4-1.453.110.3613.2447124463514402143321.0399.5
1.45-1.523.110.2763.944741446191440814354199.6
1.52-1.63.10.2034.9449334477414452144250.9799.8
1.6-1.73.130.1526.1453204516414439144250.9299.9
1.7-1.833.160.1038.3459604572014481144660.8699.9
1.83-2.023.180.0711.7460584576614418143980.8199.9
2.02-2.313.190.04818.4462794586414399143710.8999.8
2.31-2.913.220.03824470654651314466144410.9799.8
2.91-47.13.10.02538.7447444344214441139951.1396.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97863.39-10.06
13 wavelength20.97845.05-8.13
13 wavelength30.96323.72-3.11
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se21.0540.190.0020.1340.623
2Se17.010.8570.3990.2780.533
3Se18.7740.7540.2340.1910.776
4Se16.2390.4320.0370.2330.524
5Se16.5210.3460.2090.3060.519
6Se25.490.7020.3940.0340.537
7Se18.8360.7870.30.0630.628
8Se28.330.1140.460.2490.631
9Se30.6410.540.3080.1320.328

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.3Dデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.4.0034精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.196 / WRfactor Rwork: 0.159 / SU B: 1.766 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FRIEDEL PAIRS WERE AVERAGED FOR REFINEMENT. RESIDUES 346-359, 428 (SIDE CHAIN), 429, 430 HAVE NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. COORDINATES ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FRIEDEL PAIRS WERE AVERAGED FOR REFINEMENT. RESIDUES 346-359, 428 (SIDE CHAIN), 429, 430 HAVE NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. COORDINATES REPRESENT A HYPOTHETICAL MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 7201 9.8 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.16 73215 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 9 353 2795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9583421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.63633960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.315326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77926.05119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62215400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4551510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0070.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6161.51590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8981.5645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45622564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.533913
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0184.5853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.59834112
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.7313354
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.23834061
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.35-1.3850.2555130.2248155438481597.977
1.385-1.4230.2465030.20647275269472799.26
1.423-1.4640.2574830.18646145127461499.415
1.464-1.5090.2175040.16944775004447799.54
1.509-1.5590.1944390.15943584815435899.626
1.559-1.6130.1764890.14141694669416999.764
1.613-1.6740.1944510.1440894546408999.868
1.674-1.7420.1894110.13439054320390599.907
1.742-1.820.1644300.132377542053775100
1.82-1.9080.1823780.13235983978359899.95
1.908-2.0110.1663910.133340737983407100
2.011-2.1330.1753530.12732503606325099.917
2.133-2.2790.1823260.13830603388306099.941
2.279-2.4610.1823210.142283631572836100
2.461-2.6950.1872940.151261829122618100
2.695-3.0120.2082800.16423772658237799.962
3.012-3.4740.22230.172210823312108100
3.474-4.2460.1722020.15917822001178299.15
4.246-5.970.2041300.17213731550137396.968
5.97-38.9540.288800.24367689467684.564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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