PDB-3ck4: A heterospecific leucine zipper tetramer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ck4

タイトル

A heterospecific leucine zipper tetramer

要素

(GCN4 leucine zipper) x 2

キーワード

PROTEIN BINDING / Coiled coils / anti-parallel tetramer / protein complex / heterospecific interaction / Activator / Amino-acid biosynthesis / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Liu, J.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: A heterospecific leucine zipper tetramer.
著者: Deng, Y. / Liu, J. / Zheng, Q. / Li, Q. / Kallenbach, N.R. / Lu, M.

履歴

登録	2008年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ck4.cif.gz	174.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ck4.ent.gz	143 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ck4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ck4_validation.pdf.gz	502.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ck4_full_validation.pdf.gz	507.3 KB	表示
XML形式データ	3ck4_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	3ck4_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3crpC 2b22S 2ipz 2zta S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3crp-1 6xz3-d 1oeb-d 3w92-d 4oci-d 4hji-1 3f86-1 3n7e-d 4hji-2 5kp0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GCN4 leucine zipper

B: GCN4 leucine zipper

C: GCN4 leucine zipper

D: GCN4 leucine zipper

E: GCN4 leucine zipper

F: GCN4 leucine zipper

G: GCN4 leucine zipper

H: GCN4 leucine zipper

I: GCN4 leucine zipper

J: GCN4 leucine zipper

K: GCN4 leucine zipper

L: GCN4 leucine zipper

ヘテロ分子

47.9 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GCN4 leucine zipper

B: GCN4 leucine zipper

C: GCN4 leucine zipper

D: GCN4 leucine zipper

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: GCN4 leucine zipper

F: GCN4 leucine zipper

G: GCN4 leucine zipper

H: GCN4 leucine zipper

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: GCN4 leucine zipper

J: GCN4 leucine zipper

K: GCN4 leucine zipper

L: GCN4 leucine zipper

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.846, 49.107, 51.917
Angle α, β, γ (deg.)	115.77, 94.21, 109.62
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The biological assembly is a hetero-tetramer.

#1: タンパク質・ペプチド	GCN4 leucine zipper 分子量: 3986.765 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 251-281 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9 / プラスミド: pAE4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03069
#2: タンパク質・ペプチド	GCN4 leucine zipper 分子量: 3986.699 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 251-281 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9 / プラスミド: pAE4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03069
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M magnesium chloride, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月23日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.2 Å / Num. all: 41918 / Num. obs: 41918 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4137 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B22

2b22

解像度: 1.7→45.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.327 / SU ML: 0.075
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS group assigned for each peptide chain
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22062	2111	5 %	RANDOM
R_work	0.17055	-	-	-
all	0.173	41918	-	-
obs	0.17305	41918	96.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	-0.32 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0.05 Å²
3-	-	-	0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3163	0	4	405	3572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.537	2.011	4252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.886	5	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.991	25.797	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.093	15	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.542	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.11	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.311	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.977	1.5	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.453	2	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.668	3	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.227	4.5	1134

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	130	-
R_work	0.222	2736	-
obs	-	2866	88.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4415	-1.3626	3.3599	4.6645	-4.6109	18.9257	0.0668	0.1404	0.0881	-0.1309	0.004	0.0303	-0.3353	0.0135	-0.0708	-0.1898	0.0137	0.0291	-0.2159	-0.0019	-0.1035	44.814	15.786	4.123
2	2.155	-0.8199	1.1752	4.1398	-4.1092	13.3408	0.165	0.3082	0.0524	-0.208	-0.091	0.0049	-0.1865	0.2768	-0.0741	-0.1939	0.0168	-0.0206	-0.1478	-0.0234	-0.1309	48.809	9.398	-0.238
3	1.9016	-0.1846	-0.5617	1.8807	-2.2085	9.4477	0.0126	0.2288	-0.2086	-0.1731	-0.0463	0.0714	0.2562	-0.0005	0.0337	-0.19	0.0096	-0.0266	-0.1818	-0.0288	-0.1248	41.062	3.345	-1.388
4	3.7852	-0.7644	-0.1762	1.9227	-0.9458	18.9747	-0.0081	0.3538	-0.0315	-0.1341	-0.1537	0.1447	0.0045	-0.4588	0.1619	-0.2071	-0.001	-0.0146	-0.1818	-0.0187	-0.0993	35.664	9.288	0.935
5	3.9124	2.2944	4.9702	6.5913	9.9507	20.4243	-0.1299	0.283	-0.1625	-0.1409	0.3061	-0.1731	-0.0749	0.5978	-0.1762	-0.2003	-0.0186	0.0448	-0.1455	0	-0.1377	24.564	4.836	7.199
6	2.7568	1.7689	2.7241	6.1172	6.1476	11.3074	0.0825	-0.0491	-0.1504	0.1822	0.0679	-0.0783	0.2329	0.1561	-0.1504	-0.2145	-0.0057	0.0136	-0.1927	0.0517	-0.1734	17.219	1.442	9.644
7	4.0839	4.2731	3.5582	9.1556	7.8853	10.2632	0.0358	-0.0495	0.131	-0.0531	-0.2324	0.1989	-0.0856	-0.167	0.1966	-0.2201	0.0103	-0.0034	-0.1832	0.0551	-0.208	11.357	7.834	5.407
8	4.3018	5.2116	7.9075	10.1859	13.3185	21.5179	-0.0868	0.3325	0.1135	-0.5095	0.278	-0.2162	-0.6555	0.493	-0.1912	-0.1242	-0.048	0.0496	-0.1065	0.0455	-0.1482	16.979	11.875	-0.17
9	14.4773	1.1067	7.9057	2.0649	0.1077	6.7665	-0.1623	-0.4904	0.1841	0.1732	-0.0097	0.186	-0.061	-0.1666	0.172	-0.1347	0.0121	0.0497	-0.218	0.0098	-0.151	32.839	31.179	15.681
10	7.3558	-0.406	2.0438	2.1044	-0.1892	2.2856	-0.0666	-0.1835	0.0631	0.12	0.0269	0.069	-0.0281	-0.0116	0.0397	-0.1397	-0.0028	0.0067	-0.2407	0.002	-0.1924	33.313	38.026	10.773
11	8.204	-1.695	3.012	2.1919	-0.9833	4.003	0.034	0.3901	-0.0736	-0.1503	-0.09	-0.0195	0.1036	0.1581	0.056	-0.1217	-0.021	0.0192	-0.2112	-0.0286	-0.1837	38.167	32.977	2.959
12	10.7373	-2.4944	7.6328	2.8551	-1.7134	7.171	0.112	0.3779	-0.2517	-0.242	-0.1276	0.2775	0.2577	0.0161	0.0155	-0.1074	-0.0174	0.0187	-0.1634	-0.0502	-0.1017	33.233	25.832	3.526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 31	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 33	2 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 34	1 - 34
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 34	2 - 34
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	2 - 32	2 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 34	1 - 34
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	1 - 33	1 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	2 - 31	2 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	1 - 31	1 - 31
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	1 - 34	1 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	2 - 34	2 - 34
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	1 - 31	1 - 31

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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