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- PDB-3cin: CRYSTAL STRUCTURE OF A MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE SYNTHASE-RELATED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cin
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE SYNTHASE-RELATED PROTEIN (TM_1419) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 1.70 A RESOLUTION
要素Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein
キーワードISOMERASE / MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE SYNTHASE-RELATED PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-3-phosphate synthase activity / inositol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase, GAPDH-like / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase, GAPDH-like / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of MYO-inositol-1-phosphate synthase-related protein (TM1419) from Thermotoga maritima at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年3月25日ID: 1VJP
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5006
ポリマ－43,7061
非ポリマー7945
水4,197233
1
A: Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein
ヘテロ分子

A: Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein
ヘテロ分子

A: Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein
ヘテロ分子

A: Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,00024
ポリマ－174,8234
非ポリマー3,17620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area14390 Å2
ΔGint-95.7 kcal/mol
Surface area50820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.304, 104.950, 117.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Myo-inositol-1-phosphate synthase-related protein


分子量: 43705.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM1419, TM_1419 / プラスミド: MH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q9X1D6, inositol-3-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: NANODROP, 0.2M MgCl2, 40.0% PEG 400, 0.1M Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月21日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.135 Å / Num. obs: 43592 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 23.939 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.172 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.732.20.4552.122381.0572.6
1.73-1.782.40.38224791.03979.8
1.78-1.832.50.30526691.02286.8
1.83-1.882.50.24727211.09489.4
1.88-1.942.60.21128491.45691.3
1.94-2.012.60.14129011.19394.1
2.01-2.092.70.1229311.37294.6
2.09-2.192.80.08929901.18496.7
2.19-2.32.90.08130231.35897.5
2.3-2.4430.06730971.1898.9
2.44-2.633.10.05930751.19599.7
2.63-2.93.30.0531251.17899.6
2.9-3.323.50.04431281.12899.2
3.32-4.183.40.04331331.0399
4.18-41.143.70.0432381.10597.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
MolProbity3beta29モデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GR0

1gr0


解像度: 1.7→41.135 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.19 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. RESIDUE ASP 208 IS A RAMACHANDRAN OUTLIER, HOWEVER, THE ELECTRON DENSITY IS UNAMBIGUOUS FOR THIS RESIDUE. 3. CHLORINE ATOMS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. RESIDUE ASP 208 IS A RAMACHANDRAN OUTLIER, HOWEVER, THE ELECTRON DENSITY IS UNAMBIGUOUS FOR THIS RESIDUE. 3. CHLORINE ATOMS WERE MODELED SINCE THEY REFINED TO A BETTER B-FACTOR AGREEMENT WITH SURROUNDING RESIDUES. 4. THE NICOTINAMIDE RING WAS MODELED IN THE SAME ORIENTATION AS OBSERVED IN HOMOLOGS, DESPITE RESIDUAL FO-FC DENSITY INDICATION AT LEAST PARTIAL OCCUPANCY OF THE ORIENTATION ROTATED BY 180 DEGREES. 5. MAGNESIUM WAS MODELED BASED ON COORDINATION GEOMETRY AND ELECTRON DENSITY PEAK HEIGHT. 6. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2181 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.161 43592 92.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.035 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å20 Å2
2--2.65 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 48 233 3237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7111.9874283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99835168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.785389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21524.783138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11615533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1221515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.22144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21623
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3330.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.55232079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6693782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.26153122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.25681339
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.257111160
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 127 -
Rwork0.219 2167 -
all-2294 -
obs--66.03 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.2655 Å / Origin y: 18.7264 Å / Origin z: 40.872 Å
111213212223313233
T-0.13 Å2-0.0183 Å20.0048 Å2--0.1562 Å20.0235 Å2---0.0989 Å2
L1.6217 °2-0.4263 °20.7978 °2-0.5168 °2-0.4268 °2--1.0463 °2
S-0.0071 Å °0.0218 Å °0.0177 Å °-0.0027 Å °0.0433 Å °0.0166 Å °0.0312 Å °-0.073 Å °-0.0362 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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