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- PDB-3ch0: Crystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ch0
タイトルCrystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase (YP_677622.1) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 1.50 A resolution
要素Glycerophosphodiester phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / YP_677622.1 / glycerophosphoryl diester phosphodiesterase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerophosphodiester phosphodiesterase / glycerophosphodiester phosphodiesterase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Glycerophosphodiester phosphodiesterase / Glycerophosphodiester phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase (YP_677622.1) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerophosphodiester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,38219
ポリマ－31,1051
非ポリマー1,27718
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.532, 61.211, 113.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Glycerophosphodiester phosphodiesterase /


分子量: 31104.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア)
生物種: Cytophaga hutchinsonii / 株: NCIMB 9469 / 遺伝子: YP_677622.1, ugpQ, CHU_1005 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
参照: UniProt: Q11WD4, UniProt: A0A6N4SPL7*PLUS, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: NANODROP, 14.0% PEG 4000, 24.227% 2-propanol, 5.0% Glycerol, 0.1M Citric acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97910
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.97911
反射解像度: 1.5→29.553 Å / Num. obs: 56237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.783 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.543.90.7071.11589341150.707100
1.54-1.583.90.5711.31534839680.571100
1.58-1.633.90.4741.61513039060.474100
1.63-1.683.90.4081.81463837870.408100
1.68-1.733.90.3372.21418636580.337100
1.73-1.793.90.272.81374335510.27100
1.79-1.863.90.2173.41331334350.217100
1.86-1.943.90.1674.41284233100.167100
1.94-2.023.90.135.61232431700.13100
2.02-2.123.90.1016.71183430530.101100
2.12-2.243.90.0887.61130929030.088100
2.24-2.373.90.0827.91070127520.082100
2.37-2.543.90.0797.61008425960.079100
2.54-2.743.90.0768.3940624210.076100
2.74-33.90.05810.5864422340.058100
3-3.353.90.04912.1792620490.049100
3.35-3.873.80.0512.1698418210.05100
3.87-4.743.80.04114.3588115500.041100
4.74-6.713.70.04314.2456412310.043100
6.71-29.5533.40.04313.224617270.04398.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.553 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.184 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.066
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CITRATE (CIT) AND GLYCEROL (GOL) MOLECULES FROM CRYSTALLIZATION AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM CRYO SOLUTION WERE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 2816 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.16 56166 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 0 83 400 2631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222395
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.9873222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97434067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9435297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22825.146103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45715425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.667159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.21884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2260.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.11231556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5213573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62452362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.22781021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.27311860
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 205 -
Rwork0.257 3906 -
all-4111 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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