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- PDB-3cgi: Crystal structure of the PduU shell protein from the Pdu microcom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cgi
タイトルCrystal structure of the PduU shell protein from the Pdu microcompartment
要素Propanediol utilization protein pduU
キーワードUNKNOWN FUNCTION / circular permutation / beta barrel / bacterial microcompartment / propanediol / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein EutS/PduU/CutR / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Propanediol utilization protein PduU
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Crowley, C.S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of the PduU Shell Protein from the Pdu Microcompartment of Salmonella
著者: Crowley, C.S. / Sawaya, M.R. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.
履歴
登録2008年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propanediol utilization protein pduU
B: Propanediol utilization protein pduU
C: Propanediol utilization protein pduU
D: Propanediol utilization protein pduU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2384
ポリマ－54,2384
非ポリマー00
水2,972165
1
A: Propanediol utilization protein pduU
B: Propanediol utilization protein pduU

A: Propanediol utilization protein pduU
B: Propanediol utilization protein pduU

A: Propanediol utilization protein pduU
B: Propanediol utilization protein pduU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3586
ポリマ－81,3586
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17820 Å2
ΔGint-113.4 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
2
C: Propanediol utilization protein pduU
D: Propanediol utilization protein pduU

C: Propanediol utilization protein pduU
D: Propanediol utilization protein pduU

C: Propanediol utilization protein pduU
D: Propanediol utilization protein pduU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3586
ポリマ－81,3586
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19090 Å2
ΔGint-115.9 kcal/mol
Surface area28100 Å2
手法PISA
3
A: Propanediol utilization protein pduU
B: Propanediol utilization protein pduU
C: Propanediol utilization protein pduU
D: Propanediol utilization protein pduU

A: Propanediol utilization protein pduU
B: Propanediol utilization protein pduU
C: Propanediol utilization protein pduU
D: Propanediol utilization protein pduU

A: Propanediol utilization protein pduU
B: Propanediol utilization protein pduU
C: Propanediol utilization protein pduU
D: Propanediol utilization protein pduU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,71512
ポリマ－162,71512
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area40850 Å2
ΔGint-227.4 kcal/mol
Surface area49060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.140, 74.140, 218.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-153-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Propanediol utilization protein pduU


分子量: 13559.595 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: pduU / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A1D1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM HEPES, 300 mM LiSO4, 20% PEG-3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. obs: 40948 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Χ2: 1.252 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.863.80.50538591.066193.5
1.86-1.944.30.42740671.17198.6
1.94-2.034.80.35941111.312199.8
2.03-2.135.10.31241361.421100
2.13-2.275.30.27441261.2271100
2.27-2.445.40.22441261.2261100
2.44-2.695.40.19541361.2731100
2.69-3.085.40.16241191.3131100
3.08-3.885.30.13241381.2121100
3.88-905.20.12441301.2211100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å72.68 Å
Translation4 Å72.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2EWH

2ewh


解像度: 1.8→61.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.761 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions. Residue Asp41 from chains A, B, C, and D have an unusual torsion angles due to crystallographic packing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2063 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 40944 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.55 Å2-1.27 Å20 Å2
2---2.55 Å20 Å2
3---3.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.137 Å0.146 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 0 165 3623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.974873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90535807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4135478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2724.815135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85815646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.0751517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.22296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21897
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.65723039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7142951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.01233756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43321409
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.33431107
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 141 -
Rwork0.292 2638 -
all-2779 -
obs--91.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7358-0.0594-0.56750.2339-0.16970.70530.0048-0.03010.01380.0279-0.0245-0.0508-0.01460.05280.0197-0.02510.0069-0.0067-0.0019-0.009-0.021219.94591.259715.2468
20.92750.418-0.20170.5347-0.44280.5719-0.0041-0.01820.16230.02270.00960.0206-0.01170.0154-0.0056-0.0123-0.0071-0.0016-0.0213-0.0058-0.0258.91317.942115.2975
30.41570.0660.19250.92240.26570.62970.02810.01220.0257-0.064-0.0255-0.1989-0.05780.0088-0.0026-0.0076-0.01910.0059-0.01090.011-0.046715.890611.4877-22.8582
41.1130.03260.4010.3145-0.05410.67310.02360.0284-0.11-0.0356-0.0159-0.10210.0450.0624-0.0077-0.01240.00320.01420.020.0124-0.076918.3615-8.4882-22.3922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1187 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2BB7 - 1187 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 1224 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 1226 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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