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- PDB-3ceu: Crystal structure of thiamine phosphate pyrophosphorylase (BT_064... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ceu
タイトルCrystal structure of thiamine phosphate pyrophosphorylase (BT_0647) from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium target BtR268
要素Thiamine phosphate pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / TIM barrel-like protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamine phosphate pyrophosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Forouhar, F. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. ...Forouhar, F. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of thiamine phosphate pyrophosphorylase (BT_0647) from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium target BtR268.
著者: Forouhar, F. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine phosphate pyrophosphorylase
B: Thiamine phosphate pyrophosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5212
ポリマ－49,5212
非ポリマー00
水2,450136
1
A: Thiamine phosphate pyrophosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7611
ポリマ－24,7611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiamine phosphate pyrophosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7611
ポリマ－24,7611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.252, 44.060, 56.041
Angle α, β, γ (deg.)83.88, 62.97, 86.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Thiamine phosphate pyrophosphorylase


分子量: 24760.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / 株: VPI-5482 / DSM 2079 / NCTC 10582 / 遺伝子: BT_0647 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8AA18
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM Sodium chloride, 5 mM DTT. Precipitant solution: 100 mM MES pH 6.0, 20% PEG 8000, 100 mM Magnesium nitrate, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97902 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 34307 / Num. obs: 34307 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 13.95
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.96 / Num. unique all: 3462 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 349900.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 2830 9.6 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.199 34307 --
obs0.197 29424 84.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5053 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20.31 Å20.81 Å2
2--0.73 Å2-0.07 Å2
3---1.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 0 136 3370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 233 9.3 %
Rwork0.197 2273 -
obs-2273 72.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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