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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ccf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative methyltransferase (YP_321342.1) from Anabaena variabilis ATCC 29413 at 1.90 A resolution | ||||||
![]() | Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / YP_321342.1 / putative methyltransferase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() trans-aconitate 2-methyltransferase / trans-aconitate 2-methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putative methyltransferase (YP_321342.1) from Anabaena variabilis ATCC 29413 at 1.90 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLU / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 28 - 258 / Label seq-ID: 47 - 277
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION BUT CRYSTAL PACKING ANALYSIS DOES NOT REVEAL ANY INTERFACES THAT ARE LIKELY STABLE AS A DIMER. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31865.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Anabaena variabilis / 株: PCC 7937 / 遺伝子: YP_321342.1, Ava_0823 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q3MEY9, trans-aconitate 2-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: NANODROP, 1.0M LiCl, 20.0% PEG 6000, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→29.921 Å / Num. obs: 40355 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.041 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.39 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. BENZOIC ACID (BEZ) HAS BEEN MODELED BASED ON THE DENSITY. THIS ASSIGNMENT IS SUPPORTED BY A SALT LINK WITH ARG 251. HOWEVER, IT COULD BE SOME OTHER COMPOUND.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.054 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.921 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2956 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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