[日本語] English
万見
- PDB-3cbg: Functional and Structural Characterization of a Cationdependent O... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cbg
タイトルFunctional and Structural Characterization of a Cationdependent O-Methyltransferase from the Cyanobacterium Synechocystis Sp. Strain PCC 6803
要素O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / O-methyltransferase / Cyanobacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4FE / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kopycki, J.G. / Neumann, P. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Functional and Structural Characterization of a Cation-dependent O-Methyltransferase from the Cyanobacterium Synechocystis sp. Strain PCC 6803
著者: Kopycki, J.G. / Stubbs, M.T. / Brandt, W. / Hagemann, M. / Porzel, A. / Schmidt, J. / Schliemann, W. / Zenk, M.H. / Vogt, T.
履歴
登録2008年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5405
ポリマ－25,7431
非ポリマー7974
水2,234124
1
A: O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,07910
ポリマ－51,4852
非ポリマー1,5948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,x+1,-z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.622, 57.622, 119.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1251-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 O-methyltransferase


分子量: 25742.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 pREP4
参照: UniProt: Q55813, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#5: 化合物 ChemComp-4FE / (2E)-3-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)prop-2-enoic acid / 3-(3-HYDROXY-4-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / イソフェルラ酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000 (w/v), 0.2M MgCl2 in 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.284
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 16207 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.076.90.70315701.13199.9
2.07-2.158.60.55115821.113100
2.15-2.258.90.42915821.165100
2.25-2.378.90.33716071.174100
2.37-2.5290.2616121.049100
2.52-2.7190.19715901.166100
2.71-2.9990.14716271.118100
2.99-3.4290.10716280.9100
3.42-4.3190.08116450.934100
4.31-308.50.07117640.919100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.96 Å
Translation2.5 Å29.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3c3y

3c3y


解像度: 2→28.81 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: hemihedrally twinned; THIS IS A TWINNED DATA. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (-h, -k, l) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.284.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1485 9.2 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.156 16164 99.9 %-
all-16207 --
溶媒の処理Bsol: 46.447 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.187 Å2-2.302 Å20 Å2
2---2.187 Å20 Å2
3---4.373 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1703 0 55 124 1882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.235
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2Syn_lig.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る