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- PDB-3cam: Crystal structure of the cold shock domain protein from Neisseria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cam
タイトルCrystal structure of the cold shock domain protein from Neisseria meningitidis
要素Cold-shock domain family protein
キーワードGENE REGULATION / Neisseria meningitidis / cold shock protein / chain swap / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility / OPPF
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gene expression / nucleic acid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins ...Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold shock-like protein CspA
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ren, J. / Sainsbury, S. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of the cold-shock domain protein from Neisseria meningitidis reveals a strand-exchanged dimer.
著者: Ren, J. / Nettleship, J.E. / Sainsbury, S. / Saunders, N.J. / Owens, R.J.
履歴
登録2008年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold-shock domain family protein
B: Cold-shock domain family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5942
ポリマ－14,5942
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-31.8 kcal/mol
Surface area7180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.369, 59.369, 89.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-72-

HOH

21A-73-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTRPTRPAA3 - 83 - 8
21THRTHRTRPTRPBB3 - 83 - 8
32GLYGLYALAALAAA16 - 6616 - 66
42GLYGLYALAALABB16 - 6616 - 66

-
要素

#1: タンパク質 Cold-shock domain family protein


分子量: 7296.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
生物種: Neisseria meningitidis / 株: MC58 / Serogroup B / 遺伝子: NMB0838 / プラスミド: OPPF1347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9JZZ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.8 M Sodium dihydrogen phosphate, 1.2 M di-potassium hydrogen phosphate, 100 mM Acetate pH 4.5, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 5271 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 23.9 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 459 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 24.379 / SU ML: 0.249 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.691 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29663 270 5.2 %RANDOM
Rwork0.23312 ---
obs0.23646 4951 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.159 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.46 Å20 Å20 Å2
2---3.46 Å20 Å2
3---6.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1014 0 0 16 1030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0221.9211390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79331716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3595132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47625.41748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82215170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.191152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1730.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2784817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1674280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.60361032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.3336440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.74110358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
332tight positional0.030.05
403loose positional0.735
332tight thermal3.2210.5
403loose thermal4.830
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.602 12 -
Rwork0.43 327 -
obs--88.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
140.98860.55682.8074.06431.51521.4292-0.72970.5467-4.87890.13120.44580.18740.04010.23410.2838-0.17020.01960.1609-0.1575-0.0680.13734.8565.86232.469
216.2264-4.46434.2527.3508-2.65764.1078-0.1865-0.5221-1.9603-0.12170.27880.3130.1155-0.2435-0.0923-0.2969-0.01260.0493-0.0710.0917-0.269957.1185.85135.85
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 361 - 36
2X-RAY DIFFRACTION1BB37 - 6737 - 67
3X-RAY DIFFRACTION2AA38 - 6738 - 67
4X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 361 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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