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万見
- PDB-3c9c: Structural Basis of Histone H4 Recognition by p55 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c9c
タイトルStructural Basis of Histone H4 Recognition by p55
要素
  • Chromatin assembly factor 1 p55 subunit
  • Histone H4, 27-residue peptide
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR / p55 / chromatin / epigenetics / WD4 / histone / Chromatin regulator / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription / Transcription regulation / WD repeat / Chromosomal protein / DNA-binding / Nucleosome core / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


G0 and Early G1 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Neddylation / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / eggshell chorion gene amplification / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins ...G0 and Early G1 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / Neddylation / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / eggshell chorion gene amplification / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / Myb complex / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / segment specification / CAF-1 complex / polytene chromosome / NURF complex / facultative heterochromatin formation / NuRD complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / ESC/E(Z) complex / nucleosome organization / nuclear chromosome / Sin3-type complex / histone methyltransferase complex / regulation of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromosome / chromatin organization / histone binding / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. ...Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone H4 / Chromatin assembly factor 1 p55 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Song, J.J. / Garlick, J.D. / Kingston, R.E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of histone H4 recognition by p55.
著者: Song, J.J. / Garlick, J.D. / Kingston, R.E.
履歴
登録2008年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin assembly factor 1 p55 subunit
B: Histone H4, 27-residue peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7969
ポリマ－52,0102
非ポリマー7877
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.119, 150.119, 97.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Chromatin assembly factor 1 p55 subunit / Probable histone-binding protein Caf1 / CAF-1 p55 subunit / dCAF-1 / Nucleosome-remodeling factor ...Probable histone-binding protein Caf1 / CAF-1 p55 subunit / dCAF-1 / Nucleosome-remodeling factor 55 kDa subunit / NURF-55


分子量: 48817.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Caf1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q24572
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4, 27-residue peptide


分子量: 3191.853 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 16-42 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence is found naturally in Drosophila melanogaster.
参照: UniProt: P84040
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.219 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 21402 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.591 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3c99

3c99


解像度: 3.2→50 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 990 -
Rwork0.2031 --
all-21290 -
obs-20222 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3145 0 7 0 3152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0072
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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