PDB-3c8e: Crystal Structure Analysis of yghU from E. Coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c8e

タイトル

Crystal Structure Analysis of yghU from E. Coli

要素

yghU, glutathione S-transferase homologue

キーワード

TRANSFERASE / glutathione transferase homologue / YghU / E. coli

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / disulfide oxidoreductase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Harp, J. / Ladner, J.E. / Schaab, M.R. / Stourman, N.V. / Armstrong, R.N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure and Function of YghU, a Nu-Class Glutathione Transferase Related to YfcG from Escherichia coli.
著者: Stourman, N.V. / Branch, M.C. / Schaab, M.R. / Harp, J.M. / Ladner, J.E. / Armstrong, R.N.

履歴

登録	2008年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c8e.cif.gz	135.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c8e.ent.gz	108.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c8e_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c8e_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3c8e_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	3c8e_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/3c8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/3c8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6sbo-d 5fqp-1 6i3j-1 5w9c-1 6vpf-1 6vjd-1 6vjd-2 2r6y-d 2jfa-d 7kbs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (8) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: yghU, glutathione S-transferase homologue

B: yghU, glutathione S-transferase homologue

ヘテロ分子

66.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.197, 73.455, 130.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	yghU, glutathione S-transferase homologue 分子量: 32431.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: yghU / プラスミド: pET-21b(+) plasmid (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold DE-3 (Stratagene) / 参照: UniProt: Q46845
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M NaCl, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1.00, 0.9795, 0.9790, 0.9500

検出器

タイプ: MAR / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月22日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9795	1
3	0.979	1
4	0.95	1

Reflection

冗長度: 6.6 % / Av σ(I) over netI: 9.4 / 数: 295858 / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 1 / D res high: 1.89 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44647 / % possible obs: 96.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.07	50	99.8	1	0.061	0.994	7.7
3.23	4.07	100	1	0.077	0.925	7.6
2.82	3.23	99.9	1	0.088	0.924	7.1
2.57	2.82	99.6	1	0.112	0.965	6.8
2.38	2.57	99.5	1	0.139	1.032	6.8
2.24	2.38	98.8	1	0.176	1.058	6.7
2.13	2.24	98	1	0.22	1.053	6.6
2.04	2.13	96.8	1	0.271	1.099	6.3
1.96	2.04	94.8	1	0.332	0.962	5.7
1.89	1.96	79.5	1	0.392	0.929	4.2

反射

解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 95609 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.41-1.46	3	0.653	6087	0.724	56.5
1.46-1.52	3.9	0.567	7908	0.654	73.4
1.52-1.59	4.7	0.517	8596	0.748	79.7
1.59-1.67	5.6	0.488	9185	0.741	85
1.67-1.78	7.6	0.528	9837	0.787	91
1.78-1.91	9.8	0.482	10310	0.802	95.1
1.91-2.11	10.8	0.299	10570	0.857	97.3
2.11-2.41	11.2	0.175	10798	0.961	98.7
2.41-3.04	11.6	0.108	10957	1.125	99.5
3.04-50	13.1	0.055	11361	1.693	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.274 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	8037	10 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.165	80150	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4523	0	80	471	5074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	1.953	6662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.864	5	611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.997	23.852	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.133	15	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.292	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.247	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.213	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.191	1.5	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.677	2	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.612	3	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.826	4.5	1988

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.581 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	882	-
R_work	0.215	8027	-
all	-	8909	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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