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- PDB-3c84: Crystal structure of a complex of AChBP from aplysia californica ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c84
タイトルCrystal structure of a complex of AChBP from aplysia californica and the neonicotinoid thiacloprid
要素Soluble acetylcholine receptor
キーワードCHOLINE-BINDING PROTEIN / acetylcholine binding protein / neonicotinoid / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-TH4 / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Talley, T.T. / Harel, M. / Hibbs, R.E. / Tomizawa, M. / Casida, J.E. / Taylor, P.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Atomic interactions of neonicotinoid agonists with AChBP: molecular recognition of the distinctive electronegative pharmacophore.
著者: Talley, T.T. / Harel, M. / Hibbs, R.E. / Radic, Z. / Tomizawa, M. / Casida, J.E. / Taylor, P.
履歴
登録2008年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,74418
ポリマ－129,2645
非ポリマー1,48013
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.893, 116.726, 132.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Soluble acetylcholine receptor


分子量: 25852.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
細胞株 (発現宿主): kidney HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物
ChemComp-TH4 / {(2Z)-3-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]-1,3-thiazolidin-2-ylidene}cyanamide / チアクロプリド


分子量: 252.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9ClN4S
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% isopropanol, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→87.4 Å / Num. all: 97540 / Num. obs: 94127 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 9613 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BYN

2byn


解像度: 1.94→87.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.608 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21501 4876 5 %RANDOM
Rwork0.18602 ---
obs0.18747 92566 99.73 %-
all-97540 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å20 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→87.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8309 0 94 478 8881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0228707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.95911877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44251055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97424.369412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.429151407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9321551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.23753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.25918
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3270.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1521.55480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69428644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77433822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9774.53229
LS精密化 シェル解像度: 1.939→1.989 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 316 -
Rwork0.21 6625 -
obs--98.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17520.02810.02150.4908-0.03750.1789-0.0116-0.01870.0369-0.0310.00310.15230.0226-0.01120.0085-0.02470.0006-0.0074-0.0173-0.02840.0071-18.02712.930765.4274
20.35540.09840.12380.3581-0.01430.12240.0191-0.0135-0.071-0.0129-0.01120.03160.01570.0138-0.00790.0027-0.00180.0059-0.0241-0.0069-0.0213-4.371-20.010468.0757
30.2821-0.0217-0.00690.365-0.0360.00380.0020.0066-0.05-0.0204-0.0105-0.0990.0057-0.02280.0085-0.0020.00450.0057-0.0191-0.0059-0.012721.3455-14.464965.7132
40.2759-0.05820.05660.2521-0.00650.2449-0.0113-0.00220.0404-0.0204-0.0183-0.1407-0.016-0.02420.0296-0.0166-0.00250.0063-0.0252-0.0050.001724.052411.868262.4287
50.27430.0354-0.02740.4103-0.02260.26470.01250.01930.0903-0.01890.02280.04720.00690.0038-0.0353-0.01520.0106-0.0089-0.0191-0.0154-0.0081-0.301723.01462.7015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-2 - 2076 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2BB-3 - 2085 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3CC-2 - 2076 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4DD-1 - 2087 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5EE-2 - 2076 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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