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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c77 | |||||||||
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タイトル | 1.08 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus containing FE(III) deuteroporphyrin ix complexed with ammonia at ph 7.5 | |||||||||
![]() | Nitrophorin-4 | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / LIPOCALN / BETA BARREL / FERRIC / HEME ANALOG / FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX / Iron / Metal-binding / Secreted / Vasoactive / Vasodilator | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Heme Distortion in Nitrophorin 4: High Resolution Structures of Mutated Positions L123V and L133V and Heme Altered Proteins 著者: Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NH3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FDE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX IS DISORDERED BY A ROTATION OF 180 DEGREES AROUND THE CHA-FE-CHC AXIS ...FE(III) DEUTEROPOR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.3 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.50, temperature 300.0K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月31日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATING) |
放射 | モノクロメーター: BENT GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.07→21.8 Å / Num. obs: 65307 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.68 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.07→1.11 Å / 冗長度: 6.06 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1X8P 解像度: 1.08→21.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.765 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.08→21.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.08→1.11 Å / Total num. of bins used: 20
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