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万見
- PDB-3c6o: Small molecule agonists and antagonists of F-box protein-substrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c6o
タイトルSmall molecule agonists and antagonists of F-box protein-substrate interactions in auxin perception and signaling
要素
  • SKP1-like protein 1A
  • TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / auxin / ubiquitin ligase / F-box / small molecule / chemical biology / plant physiology / Auxin signaling pathway / Chromosome partition / Cytoskeleton / Developmental protein / Ethylene signaling pathway / Nucleus / Ubl conjugation pathway / Cell cycle / Leucine-rich repeat / Plant defense
機能・相同性
機能・相同性情報


auxin receptor activity / auxin binding / lateral root formation / pollen maturation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / stamen development / ethylene-activated signaling pathway / response to jasmonic acid / response to auxin ...auxin receptor activity / auxin binding / lateral root formation / pollen maturation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / stamen development / ethylene-activated signaling pathway / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / negative regulation of DNA recombination / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / SCF ubiquitin ligase complex / chromosome segregation / defense response / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transport inhibitor response 1 domain / COI1, F-box / F-box / Transport inhibitor response 1 protein domain / Monooxygenase - #50 / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation ...Transport inhibitor response 1 domain / COI1, F-box / F-box / Transport inhibitor response 1 protein domain / Monooxygenase - #50 / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Monooxygenase / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha-Beta Horseshoe / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-(1H-indol-3-yl)hexanoic acid / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / SKP1-like protein 1A / Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tan, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Small-molecule agonists and antagonists of F-box protein-substrate interactions in auxin perception and signaling.
著者: Hayashi, K. / Tan, X. / Zheng, N. / Hatate, T. / Kimura, Y. / Kepinski, S. / Nozaki, H.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Refinement description
改定 1.32020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SKP1-like protein 1A
B: TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6434
ポリマ－84,7512
非ポリマー8912
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.264, 80.836, 124.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1


分子量: 17876.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q39255
#2: タンパク質 TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1 / F-box/LRR-repeat protein 1


分子量: 66875.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TIR1, FBL1, WEI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q570C0
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#4: 化合物 ChemComp-2S2 / (2S)-2-(1H-indol-3-yl)hexanoic acid


分子量: 231.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.08 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 12-14% PEG 40,000, 100mM BTP pH6.0, 200mM NaCl, EVAPORATION, temperature 277K, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月21日
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN COOLED DUAL CRYSTAL
プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 23841 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P1M

1p1m


解像度: 2.7→49.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 18.775 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.971 / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1232 4.9 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.187 23841 46.1 %-
all-46883 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å20 Å20.4 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----3.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5079 0 53 226 5358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0225236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7671.9917104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7085639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97923.5220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.97215921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8321539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2830.22893
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.23650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9811.53286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68325197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79232211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5584.51907
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 58 -
Rwork0.272 1119 -
obs--29.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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