PDB-3c66: Yeast poly(A) polymerase in complex with Fip1 residues 80-105

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c66

タイトル

Yeast poly(A) polymerase in complex with Fip1 residues 80-105

要素

Poly(A) polymerase
Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

キーワード

TRANSFERASE / Peptide-protein complex / mRNA processing / Nucleus / RNA-binding / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / sno(s)RNA 3'-end processing / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA 3'-end processing / mRNA processing / protein-macromolecule adaptor activity / magnesium ion binding / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Bohm, A. / Meinke, G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure of yeast poly(A) polymerase in complex with a peptide from Fip1, an intrinsically disordered protein.
著者: Meinke, G. / Ezeokonkwo, C. / Balbo, P. / Stafford, W. / Moore, C. / Bohm, A.

履歴

登録	2008年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Other
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c66.cif.gz	232.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c66.ent.gz	187.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c66_validation.pdf.gz	491.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c66_full_validation.pdf.gz	518.4 KB	表示
XML形式データ	3c66_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	3c66_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/3c66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/3c66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fa0 2hhp 2o1p 2q66
類似構造データ	4dxb-1 2j7u-d 2py5-2 5u0c-4 6ej5-d 5hmw-d 1xhz-4 6q5y-d 1xf5-1 3ctz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Poly(A) polymerase

B: Poly(A) polymerase

C: Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

D: Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(A) polymerase

C: Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly(A) polymerase

D: Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.124, 184.211, 73.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Poly(A) polymerase / PAP / Polynucleotide adenylyltransferase 分子量: 61439.508 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-526 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PAP1, YKR002W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29468, polynucleotide adenylyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1 分子量: 2805.141 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 80-105 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P45976
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MjES pH 6.5, 9% Peg 20,000, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 47034 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.622 / % possible all: 96.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0003	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→28.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 23.238 / SU ML: 0.244 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2582	2382	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19722	-	-	-
obs	0.20024	44538	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.853 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8786	0	102	210	9098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9161
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.959	12414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.777	5	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.787	24.115	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.838	15	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.142	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	6275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.484	1.5	5704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.858	2	9035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.284	3	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.065	4.5	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	167	-
R_work	0.304	3031	-
obs	-	-	94.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0691	-0.3647	-1.2927	3.7506	-1.5623	4.7547	0.0096	0.0238	0.0744	0.4789	0.1152	0.1747	-0.703	-0.3936	-0.1249	0.0064	0.1466	-0.131	-0.1628	-0.049	-0.3274	-38.293	2.427	9.292
2	1.5133	0.1049	0.0678	2.7151	-0.5269	1.8592	-0.0291	0.1842	0.2004	0.3812	-0.0427	-0.4474	-0.2861	0.3744	0.0718	-0.2042	-0.0666	-0.1183	0.0094	-0.0079	-0.0448	-24.188	7.871	-16.12
3	4.7448	-0.7127	-0.913	3.131	0.8591	2.4556	0.1164	0.0524	0.6207	0.163	-0.0383	0.1449	-0.233	-0.1065	-0.0781	-0.1876	-0.0081	-0.0474	-0.1186	0.0796	-0.0722	-52.501	20.593	-21.942
4	1.9988	-0.8569	1.134	2.6641	-0.12	1.9181	0.1314	-0.1182	-0.3333	-0.1218	0.1172	0.2033	0.2037	-0.166	-0.2486	0.0048	-0.0399	-0.0685	-0.0954	0.0018	-0.0904	-29.761	-31.232	-48.705
5	1.8203	-1.2081	-0.1458	2.54	0.4202	1.3655	0.0111	-0.1269	0.0082	-0.1319	0.1542	-0.4183	0.0287	0.3003	-0.1653	-0.2384	0.0032	-0.054	-0.0321	-0.0564	-0.0083	-8.63	-29.842	-28.26
6	3.5885	0.3596	0.2337	6.3237	0.8881	3.7346	0.153	-0.0656	-0.2592	0.7439	-0.2086	0.3233	-0.0006	-0.1187	0.0556	-0.1125	0.0421	0.0644	-0.1794	0.0885	-0.1654	-29.296	-50.961	-17.911
7	14.8479	-0.7497	-5.7782	2.2974	1.3837	16.7597	-0.1973	1.375	0.5749	-0.6167	0.1395	0.5694	0.2361	-0.6411	0.0578	-0.1965	0.0012	-0.1206	0.0198	0.1641	-0.1385	-60.076	17.187	-33.63
8	6.6479	1.9045	-0.8086	7.1577	2.5608	5.8106	-0.4946	-1.2742	-1.1217	1.5072	0.3532	0.5171	-1.0847	-0.7548	0.1413	0.4898	0.0147	0.3211	-0.0338	0.1501	-0.149	-34.855	-50.304	-4.758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	41 - 190	41 - 190
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	3 - 40	3 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	191 - 357	191 - 357
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	358 - 532	358 - 532
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	41 - 190	41 - 190
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	3 - 40	3 - 40
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	191 - 357	191 - 357
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	358 - 531	358 - 531
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	80 - 103	1 - 24
10	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	80 - 102	1 - 23

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