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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3c5o
タイトル
Crystal structure of the conserved protein of unknown function RPA1785 from Rhodopseudomonas palustris
要素
UPF0311 protein RPA1785
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta-barrels / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
Protein of unknown function (DUF3237) / Uncharacterised protein family UPF0311 / Porin - #20 / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / UPF0311 protein RPA1785
解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.42 / Num. unique all: 1932 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 58.6
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.2.0019
精密化
SBC-Collect
データ収集
HKL-3000
データ収集
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
データスケーリング
HKL-3000
位相決定
SHELXD
位相決定
MLPHARE
位相決定
RESOLVE
位相決定
PHENIX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 17.307 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.276 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: Program PHENIX has also been used in refinement
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.271
1502
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.213
-
-
-
all
0.216
27778
-
-
obs
0.216
27778
87.3 %
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK