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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c5m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oligogalacturonate lyase (VPA0088) from Vibrio parahaemolyticus. Northeast Structural Genomics Consortium Target VpR199 | ||||||
要素 | Oligogalacturonate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / 7 blade-shaped beta-propeller / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of oligogalacturonate lyase (VPA0088) from Vibrio parahaemolyticus. 著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c5m.cif.gz | 232.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c5m.ent.gz | 197 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c5m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3c5m_validation.pdf.gz | 455.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3c5m_full_validation.pdf.gz | 495.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3c5m_validation.xml.gz | 46.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3c5m_validation.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c5m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45687.426 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ) 生物種: Vibrio parahaemolyticus / 株: RIMD 2210633 / Serotype O3:K6 / 遺伝子: VPA0088 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q87K10 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITY CLEARLY SHOWS THAT THE RESIDUE AT THE SEQUENCE POSITION 31 IS ...AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITY CLEARLY SHOWS THAT THE RESIDUE AT THE SEQUENCE POSITION 31 IS NOT VALINE. THE ILE SIDE CHAIN HAS BEEN MODELED ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY AT SEQUENCE POSITION 31. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM MES pH 6.5, 20% PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 94903 / Num. obs: 94903 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.297 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 242133.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.171 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
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