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- PDB-3c5m: Crystal structure of oligogalacturonate lyase (VPA0088) from Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c5m
タイトルCrystal structure of oligogalacturonate lyase (VPA0088) from Vibrio parahaemolyticus. Northeast Structural Genomics Consortium Target VpR199
要素Oligogalacturonate lyase
キーワードLYASE / 7 blade-shaped beta-propeller / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


oligogalacturonide lyase activity / pectin catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Oligogalacturonate lyase domain / Oligogalacturonate lyase / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Oligogalacturonate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of oligogalacturonate lyase (VPA0088) from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligogalacturonate lyase
B: Oligogalacturonate lyase
C: Oligogalacturonate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2276
ポリマ－137,0623
非ポリマー1653
水3,765209
1
A: Oligogalacturonate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7422
ポリマ－45,6871
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Oligogalacturonate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7422
ポリマ－45,6871
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Oligogalacturonate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7422
ポリマ－45,6871
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.233, 115.233, 209.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Oligogalacturonate lyase


分子量: 45687.426 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
生物種: Vibrio parahaemolyticus / 株: RIMD 2210633 / Serotype O3:K6 / 遺伝子: VPA0088 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q87K10
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITY CLEARLY SHOWS THAT THE RESIDUE AT THE SEQUENCE POSITION 31 IS ...AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITY CLEARLY SHOWS THAT THE RESIDUE AT THE SEQUENCE POSITION 31 IS NOT VALINE. THE ILE SIDE CHAIN HAS BEEN MODELED ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY AT SEQUENCE POSITION 31.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM MES pH 6.5, 20% PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 94903 / Num. obs: 94903 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.297

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 242133.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 8428 9.8 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 86115 89.8 %-
all-95896 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.171 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.16 Å20 Å20 Å2
2--8.16 Å20 Å2
3----16.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9080 0 3 209 9292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 558 10.2 %
Rwork0.338 4895 -
obs--57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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