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万見
- PDB-3c3l: X-ray crystal structure of the N4 mini-vRNAP P2 promoter complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c3l
タイトルX-ray crystal structure of the N4 mini-vRNAP P2 promoter complex
要素
  • P2 Promoter DNA
  • Virion RNA polymerase
キーワードtransferase/DNA / protein-DNA complex / nucleotidyltransferase / promoter binary complex / DNA-hairpin / virion RNA polymerase / transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / virion component / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #110 / Alpha-Beta Plaits - #2440 / Transcription Regulator spoIIAA - #220 / Helix Hairpins - #1360 / Helix Hairpins - #1370 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1860 / : / : / : / : ...Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #110 / Alpha-Beta Plaits - #2440 / Transcription Regulator spoIIAA - #220 / Helix Hairpins - #1360 / Helix Hairpins - #1370 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1860 / : / : / : / : / Virion DNA-directed RNA polymerase, plug insertion / Virion DNA-directed RNA polymerase domain / Virion DNA-directed RNA polymerase domain / Bacteriophage N4 RNA polymerase, helical domain / Transcription Regulator spoIIAA / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Virion DNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteriophage N4 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gleghorn, M.L. / Murakami, K.S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural basis for DNA-hairpin promoter recognition by the bacteriophage N4 virion RNA polymerase.
著者: Gleghorn, M.L. / Davydova, E.K. / Rothman-Denes, L.B. / Murakami, K.S.
履歴
登録2008年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: P2 Promoter DNA
D: P2 Promoter DNA
A: Virion RNA polymerase
B: Virion RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,3724
ポリマ－266,3724
非ポリマー00
水5,242291
1
C: P2 Promoter DNA
A: Virion RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1862
ポリマ－133,1862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-7.1 kcal/mol
Surface area46120 Å2
手法PISA
2
D: P2 Promoter DNA
B: Virion RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1862
ポリマ－133,1862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-6.1 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.344, 111.205, 276.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 P2 Promoter DNA


分子量: 10149.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Virion RNA polymerase


分子量: 123036.320 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 998-2102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage N4 (ファージ) / 遺伝子: vRNAP / プラスミド: pKMK56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q859P9, DNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.3 M dibasic ammonium citrate, 25 % (drop) or 15% (reservoir) PEG 3350, hanging drop, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCl11
2dibasic ammonium citrate11
3PEG 335011
4Tris-HCl12
5dibasic ammonium citrate12
6PEG 335012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5414 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 92251 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.092 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.493.30.18482141.18183.7
2.49-2.593.30.16989201.14391.5
2.59-2.73.30.14592021.11393.9
2.7-2.853.30.12493511.11795.4
2.85-3.023.50.10694911.18996.6
3.02-3.263.90.08895011.02696.3
3.26-3.584.30.07194461.08195.5
3.58-4.14.60.05894061.13994.5
4.1-5.164.90.04793491.04893.5
5.16-304.90.03293710.98590.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化解像度: 2.4→30 Å / FOM work R set: 0.866 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 9037 9 %
Rwork0.215 --
obs-90497 90.3 %
溶媒の処理Bsol: 19.391 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 26.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.49 Å20 Å20 Å2
2---4.18 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16768 780 0 291 17839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.238
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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