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- PDB-3c2w: Crystal structure of the photosensory core domain of P. aeruginos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2w
タイトルCrystal structure of the photosensory core domain of P. aeruginosa bacteriophytochrome PaBphP in the Pfr state
要素Bacteriophytochrome
キーワードSIGNALING PROTEIN / Knot structure / Chromophore / Kinase / Phosphoprotein / Photoreceptor protein / Receptor / Sensory transduction / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain ...PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yang, X. / Kuk, J. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa bacteriophytochrome: photoconversion and signal transduction.
著者: Yang, X. / Kuk, J. / Moffat, K.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
E: Bacteriophytochrome
F: Bacteriophytochrome
G: Bacteriophytochrome
H: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,24716
ポリマ－454,5868
非ポリマー4,6618
水54030
1
E: Bacteriophytochrome
F: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8124
ポリマ－113,6462
非ポリマー1,1652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area41810 Å2
手法PISA
2
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8124
ポリマ－113,6462
非ポリマー1,1652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area43080 Å2
手法PISA
3
G: Bacteriophytochrome
H: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8124
ポリマ－113,6462
非ポリマー1,1652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area43220 Å2
手法PISA
4
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8124
ポリマ－113,6462
非ポリマー1,1652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area42400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.417, 164.255, 434.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 56823.230 Da / 分子数: 8 / 断片: photosensory core domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: bphP, PA4117 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HWR3, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.45M (NH4)H2PO4 0.1M Tris HCl 10mg/ml protein, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 150452 / Num. obs: 89068 / % possible obs: 59.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 70.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A partial model built from a mutant structure determined by MAD phasing

解像度: 2.9→14.996 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: TLS / 位相誤差: 36.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 4371 5 %
Rwork0.2188 --
obs0.2221 87377 72.1 %
all-121194 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.335 Å2 / ksol: 0.259 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 126.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.401 Å20 Å2-0 Å2
2--18.381 Å2-0 Å2
3----40.782 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30117 0 344 30 30491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08942329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.55411424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0744622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045538
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 38 -
Rwork0.383 742 -
obs--20 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.64530.37690.1370.4707-0.1321.55330.0724-0.0665-0.0044-0.02350.19680.0744-0.1084-0.0468-0.25580.2329-0.0123-0.05220.49950.11110.4376-17.854218.081898.2925
20.4068-0.0590.17860.8752-0.00310.674-0.0617-0.2259-0.2427-0.11030.23030.31880.1311-0.2608-0.17210.5097-0.2299-0.22320.69030.25810.7397-40.3775-7.621784.0241
30.3655-0.29140.12260.90160.93791.7505-0.0635-0.07050.0637-0.06850.1655-0.04510.0407-0.1238-0.08240.4811-0.0682-0.08080.4182-0.0310.4958-41.555860.422665.8867
40.00540.1715-0.07040.48670.09540.80580.2013-0.07980.01560.0582-0.03240.09320.1296-0.4352-0.14070.4859-0.2675-0.21110.8790.28810.6868-70.972237.475566.4169
50.67590.2762-0.0250.08470.43040.77370.03860.2575-0.0298-0.17930.12280.0869-0.36760.4935-0.06290.8486-0.2225-0.22190.92160.18010.6515-50.250660.808311.1766
60.56730.01110.19810.61310.23940.61870.23920.0065-0.0418-0.1827-0.17980.00480.0348-0.0742-0.0460.7091-0.0851-0.17660.53290.12260.4065-77.926338.32421.3324
70.81080.0667-0.47630.328-0.34841.4680.07140.0177-0.0964-0.3361-0.0487-0.03210.25980.0572-00.5872-0.05240.10320.23290.00030.3512-12.543932.270345.3371
80.62330.0655-0.2594-0.11210.08461.19520.06250.1388-0.0272-0.15070.0397-0.11450.5789-0.1893-0.13941.0042-0.2134-0.34420.43660.15160.664-36.21523.971639.6967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA5 - 900
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB5 - 900
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC5 - 900
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD5 - 900
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE5 - 900
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF5 - 900
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG5 - 900
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH5 - 900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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